Variabilita mitochondriální DNA ve vztahu k druhové identifikaci živočichů

Františka Suchá

Bachelor's thesis

Variability of mitochondrial DNA relative to the species identification of animals

Abstract:

Mezi významné nástroje pro identifikaci živočichů patří molekulárně-genetické metody, zejména DNA barcoding. Tato práce si kladla za cíl popsat metody DNA barcodingu, zejména metody amplifikace genu cytochromoxidázy I (COI). Tyto metody byly poté využity pro identifikaci a sledování rozdílů mezi konkrétními příklady druhů z jednotlivých taxonomických skupin. K tomuto účelu byly shromážděny vzorky hmyzu z Brna a okolí a také vzorky chlupů z několika vybraných druhů domácích zvířat. Z těchto vzorků se izolovala DNA, ze které byl následně amplifikován úsek genu pro cytochromoxidázu I (COI) metodou PCR. Pro tyto účely byly použity primery LCO1490/HCO2198. Poté následovalo sekvenování a srovnání výsledků sekvenování s referenčními sekvencemi v databázích. Ze všech 40 vzorků se podařilo amplifikovat 32 vzorků, amplifikace selhala pouze u vzorků koňských žíní. Amplifikované fragmenty byly úspěšně sekvenovány a všechny sekvence se podařilo přiřadit k referenčním sekvencím v databázích.

Abstract:

Significant tools for identifying animals include molecular genetic methods, particularly DNA barcoding. The aim of this work is to describe methods of DNA barcoding, especially methods of amplification of cytochrom oxidase I (COI) gene. These methods were then used to identify and observe differences between specific examples of species from individual taxonomic groups. For this purpose, samples of insects from Brno and surroundings were collected as well as samples of hair from several selected species of domestic animals. From these samples, DNA was isolated from which the segment of the cytochrom oxidase I (COI) gene was subsequently amplified by PCR. Primers LCO1490/HCO2198 were used for this purpose. This was followed by sequencing and comparison of sequencing results with reference sequences in the databases. Of all 40 samples, 32 samples were amplified and amplification failed only in horsehair samples. The amplified fragments were sequenced successfully and all sequences were assigned to reference sequences in the databases.

Keywords

DNA barcoding, COI, mtDNA

Keywords

DNA barcoding, COI, mtDNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Aleš Knoll, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Bachelor programme / field:
Agrobiology / Molecular biology and biotechnology