Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber).

Alžběta ZLOCHOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Caribbean Flamingo (Phoenicopterus ruber).

Abstract:

V této bakalářské práci jsem hledala pomocí cross-species PCR amplifikace polymorfní mikrosatelity, které se vyskytují u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber). Byly amplifikovány mikrosatelity z řádu tučňáci a také univerzální ptačí mikrosatelity EST mikrosatelity a konzervované ptačí mikrosatelity. V teoretické části jsem se zabývala obecnou charakteristikou plameňáků, řešila jsem problematiku zařazení plameňáků do systému ptáků a charakterizovala jsem plameňáka karibského. Dále jsem se zaměřila na obecnou charakteristiku mikrosatelitů a popsala jsem mikrosatelity odvozené z řádu tučňáci a univerzální ptačí mikrosatelity. V experimentální části jsem řešila cross-species PCR amplifikaci 171 párů primerů pro amplifikaci polymorfních mikrosatelitů u 6 nepříbuzných jedinců plameňáka karibského. Z nich bylo 113 párů primerů navrženo pro mikrosatelity odvozené od 9 druhů z řádu tučňáci a 58 párů primerů bylo pro univerzální ptačí mikrosatelity. Nalezla jsem 23 párů primerů, které amplifikovaly polymorfní produkt, z nichž bylo 16 párů primerů pro mikrosatelity popsané u 6 druhů z řádu tučňáci, 4 páry primerů byly pro konzervované ptačí mikrosatelity a 3 páry primerů byly navrženy pro EST mikrosatelity. U polymorfních mikrosatelitů jsem detekovala od 2 do 7 alel.

Abstract:

The aim of my bachelor thesis was to find polymorphic microsatellites using the cross-species PCR amplification method. In Caribbean Flamingo (Phoenicopterus ruber) tested polymorfic microsatellites from the order Sphenisciformes, conserved avian microsatellites and EST microsatellites. In the theoretical part I focused on general characterisation of flamingos, their phylogenetical position in the avian system and detailed characterisation of the Caribbean flamingo. I also described general characteristics of microsatellites and those which are derived from the order Sphenisciformes and universal avian microsatellites. Experimental part consisted the cross-species PCR amplification of 171 primer pairs which were used to amplify polymorphic microsatellites in 6 unrelated Caribbean flamingo individuals. Out of these 171, 113 primer pairs were designed for the microsatellites derived from 9 species of the order Sphenisciformes and the other 58 primer pairs were designed for the universal avian microsatellites. I found 23 primer pairs in total which amplified a polymorphic product, out of which 16 primer pairs were for the microsatellites of the order Sphenisciformes, 4 primer pairs were for the conserved avian microsatellites and 3 primer pairs were for the EST microsatellites. I detected from 2 to 7 alleles per locus.

Keywords

plameňák karibský (Phoenicopterus ruber), mikrosatelity, polymorfní mikrosatelity, EST mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 31. 7. 2017

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology