Proteomická analýza regulace cytoskeletu v kořenech Arabidopsis thaliana pomocí cytoskeletálních inhibitorů

Lenka KABRDOVÁ

Diplomová práce

Proteomic analysis of cytoskeleton regulation in the roots of Arabidopsis thaliana using cytoskeletal inhibitors

Anotace:

Rostlinný cytoskelet je významná součást rostlinné buňky, která jí zajišťuje nejen mechanickou oporu, ale také se podílí na mnoha v ní probíhajících fyziologických procesech. Proto je důležité poznat mechanismus funkce, dynamiky a regulace cytoskeletálních částí, mikrotubulů a aktinových filament. Jedním ze způsobů zkoumání cytoskeletu je působení cytoskeletálních inhibitorů na buňky a pozorování změn mezi buňkami ovlivněnými inhibitorem a kontrolními buňkami. Mikroskopickým pozorováním in vivo byly sledovány účinky oryzalinu a latrunkulinu B na mikrotubuly v kořenech Arabidopsis thaliana. Pomocí dvou nezávislých proteomických přístupů, bezgelový a gelový, byly sledovány změny proteomu v kořenech Arabidopsis thaliana, které doprovázejí změny polymerizace aktinu a mikrotubulů po ošetření cytoskeletálními inhibitory. Optimalizovanou metodou 2D imunoblotování byly detekovány a separovány isoformy aktinu a sledovány posttranslační modifikace -tubulinu na základě změny isoelektrického bodu. Změny abundance -tubulinu a aktinu byly zjištěny metodou 1D imunoblotování

Abstract:

The plant cytoskeleton is an important part of the plant cell which provides not only mechanical support but also contributes to many physiological processes in the cell. Therefore, it is important to understand the mechanism of function, dynamics and regulation of cytoskeletal components, microtubules and actin filaments. Cytoskeletal inhibitors proved to be a valuable tool for the examination of the cytoskeleton. Within this diploma thesis, changes of Arabidopsis thaliana root proteome accompanying the disturbed actin and microtubule polymerization induced by cytoskeletal inhibitors were monitored using two independent proteomic approaches, including gel free (LC-MSE) and gel based (two-dimensional electrophoresis coupled to MALDI TOF TOF). Additionally, the effects of these inhibitors on the microtubules in roots of Arabidopsis thaliana were observed by confocal laser scanning microscopy in vivo. We also used two-dimensional immunoblotting in roots treated by inhibitors for Arabidopsis actin and tubulin isoforms differentiation as well as for the detection of putative posttranslational modifications. The changes of -tubulin and actin abundance were detected by 1D immunoblotting

Klíčová slova

Proteomika, tubulin, aktin, posttranslační modifikace, oryzalin, latrunkulin B, cytochalasin D

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 22. 8. 2014

Zveřejnit od: 22. 8. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 8. 2014
• Vedoucí: Ing. Tomáš Takáč, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie