Genetická diverzita a fylogeneze zástupců rodu Crassula L.

Bc. Anna Jánová

Diplomová práce

Genetic diversity and phylogenesis of members of Crassula L. genus

Anotace:

Předmětem této práce bylo využití variabilních oblastí DNA k objasnění fylogenetických vztahů blízce příbuzných druhů rodu Crassula L. pocházejících z jižní Afriky. Pro analýzu bylo použito celkem 69 zástupců rodu vybraných na základě předběžného dendrogramu, který byl vytvořen podle sekvencí chloroplastových oblastí DNA. U těchto zástupců byly analyzo-vány jak variabilní chloroplastové oblasti DNA (matK, rps16), tak i jaderné oblasti DNA (ITS, ETS). Tato práce se zaměřila na variabilní oblasti jaderné DNA, především na oblast ETS, která se jevila jako nejvhodnější pro fylogenetickou studii této skupiny rostlin. Tyto čtyři oblasti DNA byly u všech 69 zástupců rodu Crassula amplifikovány, sekvenovány a na základě mnohonásobného seřazení vyhodnocovány. Výsledky potvrdily předpoklad, že vy-brané nekódující jaderné oblasti DNA jsou pro fylogenetickou studii těchto blízce příbuzných druhů vhodněší než chloroplastové, jelikož vykazují mnohem vyšší variabilitu. Oblast ETS vykazovala nejvyšší variabilitu z oblastí DNA použitých v této práci a díky tomu se jeví jako vhodná pro detailní fylogenetickou analýzu rodu Crassula.

Abstract:

The topic of this work was the use of variable DNA regions for clarification of phylogenic relations of closely related South African species of Crassula L. genus. Based on preliminary dendrogram which was constructed according to chloroplast regions, 69 members of Crassula genus were used for analysis. Variable regions of chloroplast DNA (matK, rps16) as well as nuclear regions of DNA (ITS, ETS) of these members were analyzed. This work was focused on variable regions of nuclear DNA mainly to ETS region which was found as the most suita-ble for phylogenic study of this group of plants. These four regions of DNA were amplified and sequenced for all 69 analyzed members of Crassula genus. The multiple alignments of all DNA sequences were evaluated. The results confirm hypothesis that chosen noncoding nucle-ar DNA regions can be more suitable for phylogenetic study of these closely related species than chloroplast DNA regions because of their much higher variability. The ETS region shoved highest variability of all regions used in this work, so it appears as suitable for detailed phylogenetic analysis of the Crassula genus.

Klíčová slova

Crassula, fylogeneze, variabilita DNA, ETS, ITS

Keywords

Crassula, phylogenesis, DNA variability, ETS, ITS

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Pavel Hanáček, Ph.D.

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fytotechnika / Biotechnologie rostlin