Studium interakcí MAGE proteinů metodami molekulového modelování

Bc. Pavel Janoš

Diplomová práce

MAGE proteins interaction study using molecular modeling methods

Anotace:

V diplomové práci se věnuji studiu protein-proteinové interakce mezi MAGE-C2 a EID2 proteiny za použití metod molekulového modelování, molekulové dynamiky a in silico alanine scanning. Tyto výsledky jsou poté porovnány s in vitro experimentálními daty za účelem validování možných modelů, které by nám umožnily dat biologická data do strukturního kontextu. Studiem tohoto komplexu doufáme v získání hlubšího porozumění nejen interakcí mezi členy MAGE a EID proteinových rodin, ale také interakcím mezi NSE3 a NSE4 podjednotkami SMC 5/6 komplexu, které jsou jim příbuzné. Model vykazující dobrou shodu s experimentálními data byl nalezen, který nám poskytuje nové informace o této interakci, konkrétně o možné roli N-koncové části MAGE-C2 ve vazbě k EID2.

Abstract:

In this thesis I explore the protein-protein interaction between MAGE-C2 and EID2 using molecular modeling, molecular dynamics and in silico alanine scanning. These results are compared to in vitro experimental data to validate possible models, that would allow us to put the biological data into structural context. By studying this complex we hope to gain further insight not only into the interactions between members of MAGE and EID protein family, but also into the interactions of NSE3 and NSE4 subunits of SMC 5/6 complex that are related to these families. One model with good agreement with experimental data have been found and it gives us new insight into this interaction, in particular the possible role of N-terminal part of MAGE-C2 in the binding to EID2.

Keywords

MAGE, EID, SMC 5/6, proteinové interakce, molekulové modelování, molekulová dynamika, PBSA, GBSA

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
• Vedoucí: Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biomolekulární chemie