Nový polymorfizmus genu apolipoprotein A2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat

Bc. Oleg Sukhov

Master's thesis

New polymorphism of apolipoprotein A2 gene and its association with fatty acids contain of pigs

Abstract:

V diplomové prací byla probírána problematika nových polymorfizmů genu APOA2 a jeho asociace s obsahem mastných kyselin u prasat plemene České bílé ušlechtilé. Gen APOA2 (ID: 100153243) je kandidátním genem pro kvalitu vepřového masa. Cílem diplomové práce bylo analyzovat vliv jednotlivých polymorfizmů na obsah mastných kyselin a intramuskulárního tuku. Mezi mastnými kyselinami byl pozorován obsah: kys. myristolejové, kys. palmitové, kys. palmitolejové, kys. stearové, kys. olejové, kys. linolové, kys. linolenové, kys. arachidonové, kys. arachové a kys. eicosapentaenové (EPA). Byly použité molekulárně-genetické metody jako designování primerů pomocí programu OLIGO, PCR, gelová elektroforéza a sekvenování Sangerovou metodou. Výsledky byly zpracovány formou frekvencí genotypů a následně byly provedeny asociační analýzy smíšeným lineárním modelem. Hodnoty relativních frekvencí alel polymorfizmu APOA2 T>A rs80803879 byly: A = 0,086, T = 0,914 a relativní frekvence alel APOA2 G>A rs331415849: A = 0,068 a G = 0,948. Asociace byly zjištěny pro mastné kyseliny: kys. myristolejovou, kys. palmitolejovou, kys. olejovou, kys. arachidonovou a kys. arachovou.

Abstract:

This thesis studies the problematic of the new polymorphism APOA2 gene and that association with fatty acids contain in a group of Czech Large White pigs. APOA2 gene (ID: 100153243) is a candidate gene for porcine meat quality. The aim of thesis was to analyze the influence of selected polymorphisms on fatty acids and intramuscular fat contain. Among fatty acids was observed a contain of: tetradecenoic acid, palmitic acid, palmitoleic acid, stearic acid, oleic acid, linoleic acid, linolenic acid, arachidonic acid, arachidic acid a eicosapentaenoic acid (EPA). Have been used molecular-genetic methods such as primers design in the OLIGO software, PCR, gel electrophoresis a sequencing by Sanger method. The results were processed by form of genotype frequency and followed by associative analysis with a mixed linear model. The values of the relative alleles frequency of polymorphism APOA2 T>A rs80803879 were as follows: A = 0,086, T = 0,914 and relative alleles frequency of APOA2 G>A rs331415849: A = 0,068 a G = 0,948. Polymorphism associations were found for fatty acids: myristoleic acid, acid palmitoleic acid, oleic acid, arachidonic acid, and arachidic acid.

Keywords

mastné kyseliny, SSC4, APOA2 gen, SNP, HDL, triacylglyceroly

Keywords

APOA2 gene, SNP, HDL, triacylglycerols, fatty acids, SSC4

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 4. 2018

Thesis defence

• Supervisor: prof. Ing. Tomáš Urban, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Animal Breeding / Animal Biotechnology