Fragmentační profil volné fetální DNA u gravidníchžen

Jana Blumenthalová

Master's thesis

Fragmentation profiling of cell free fetal DNA in pregnant women

Abstract:

Objevení volné fetální DNA v krevní plazmě těhotných žen ukázalo novou cestu k neinvazivní prenatální diagnostice. Fetální DNA se v mateřské plazmě vyskytuje ve formě fragmentů různé délky. Tato DNA má svůj původ pravděpodobně ve vyvíjející se placentě. Fragmenty volné fetální DNA jsou celkově menší než molekuly mateřského původu a jejich velikost se pohybuje přibližně v rozmezí od 100 - 700 bp. Fragmenty nad 1 kb patří převážně matce. Nukleové kyseliny získané z krevní plazmy lze separovat pomocí gelové elektroforézy. Fragmenty požadované velikosti mohou být izolovány a poté amplifikovány pomocí PCR. V naší práci jsme analyzovali fetální DNA mužského pohlaví izolovanou z krevní plazmy těhotných žen. Pro analýzu fetální DNA jsme zvolili kapilární elektroforézu a sekvence AMELX a AMELY. Pro srovnání výsledků jsme na několik vybraných vzorků použili také real time PCR pro SRY sekvenci. Kapilární elektroforéza detekovala fetální DNA ve 40,6 %. Real-time PCR analýza v 72 %, avšak s mnohem větším rozptylem naměřených hodnot. Vztah mezi množstvím fetální DNA v jednotlivých frakcích a týdnem těhotenství nebyl prokázán

Abstract:

The discovery of cell free fetal DNA in blood plasma of pregnant women resulted in a new way of noninvasive prenatal diagnosis. Fetal DNA in maternal plasma is found in the form of fragments of different lengths. This DNA probably originates from the growing placenta. The fragments of cell free fetal DNA are smaller in size than the molecules coming from maternal tissues and their size varies approximately from 100 to 700 bp. Fragments which are larger than 1 kb are predominantly found in the bodies of mothers. Nucleic acids which were extracted from blood plasma can be separated by gel electrophoresis. Those fragments of demanded size can be isolated and then amplified by PCR method. In this research, we analyzed male-specific fetal DNA which was isolated from blood plasma of pregnant women. In order to analyze fetal DNA, capillary electrophoresis and AMELX and AMELY sequences were used. Moreover, real-time PCR was used for SRY sequence detection in several samples. The results obtained from these two methods were compared. 40.6 % of fetal DNA was detected by capillary electrophoresis. On the other hand, real-time PCR analysis detected 72% of fetal DNA. However, the results of this analysis ranged greatly compared to the results of capillary electrophoresis. The relation between the percentage of fetal DNA and a week of pregnancy was not found

Keywords

Volná fetální DNA, prenatální diagnostika, kapilární elektroforéza, mateřská plazma, DNA fragmenty

Keywords

Cell free fetal DNA, prenatal diagnosis, capillary electrophoresis, maternal plasma, DNA fragments

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2009

Thesis defence

• Date of defence: 9. 6. 2009
• Supervisor: Radek Vodička
• Reader: Radek Vrtěl

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Master programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie