Histondeacetylasy - úloha v obraně rostlin při napadení patogenem

Martina JANKŮ

Bachelor's thesis

Histone deacetylases - the role in plant defense to pathogen attack

Anotácia:

Bakalářská práce je v teoretické části zaměřena na charakterizaci skupiny enzymů histondeacetylas (HDAC), která je zapojena do několika klíčových procesů v buňce. V úvodu práce jsou nejprve zmíněny modifikace histonů mající vliv na epigenetickou regulaci. Následující kapitoly se zabývají živočišnými a rostlinnými HDAC. U rostlinných HDAC je navíc věnována pozornost úloze HDAC v odpovědi rostlin na stresové podmínky. V poslední části jsou shrnuty metody pro stanovení aktivity a množství HDAC v biologických systémech a pro stanovení jejich kovalentních modifikací. V experimentální části práce byla zaváděna fluorimetrická analýza pro stanovení aktivity HDAC v rostlinných extraktech. Jako pozitivní kontrola sloužil rekombinantní protein lidské HDAC2. Modelovými rostlinami byly Arabidopsis thaliana ekotyp Columbia, Nicotiana tabacum cv. Samsun a Solanum habrochaites. Po optimalizaci podmínek metody byl sledován vliv stáři rostliny a působení NO na aktivitu histondeacetylas. Pro detekci HDAC v rostlinných extraktech byly optimalizovány podmínky metody Western blot.

Abstract:

In the theoretical part, the thesis is focused on the characterization of a group of histone deacetylases enzymes (HDACs) which is involved in several critical processes in the cell. At the beginning of the work there are histone modifications mentioned, especially acetylation and deacetylation that influence epigenetic regulation. Next chapters deal with mammalian and plant HDACs. In the chapter about plant HDACs, roles of HDAC in plant responses to stress conditions are reviewed. The last part is focused on the methods of measuring HDAC amount and activity in biological systems and also their covalent modifications. In the experimental part of the thesis, the fluorimetric assay for measurement of HDAC activity in plant extracts was introduced. The recombinant protein of human HDAC2 was used as a positive control. Arabidopsis thaliana ecotype Columbia, Nicotiana tabacum cv. Samsun and Solanum habrochaites were utilised as plant models. After the optimization of the conditions of the method, the role of the plant age and the effects of NO on HDAC activity were tested. For the detection of HDAC protein in plant extracts, the conditions for the Western blot method were optimized.

Kľúčové slová

Histondeacetylasy, chromatin, epigenetika, HD-tuiny, sirtuiny, stanovení aktivity HDAC, S-nitrosylace.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2014

Zverejniť od: 15. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2014
• Vedúci: Doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry