Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u potápky roháče (Podiceps cristatus).

Kristýna FILIPOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in great crested grebe (Podiceps cristatus).

Abstract:

V mé bakalářské práci jsem řešila polymorfizmus mikrosatelitů u potápky roháče (Podiceps cristatus) pomocí cross-species PCR amplifikace mikrosatelitů získaných od druhů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů. V teoretické části jsem se zabývala popisem řádu potápky (Podicipediformes) a zařazením do systému, dále popisem potápky roháče. Popsala jsem mikrosatelity, jejich cross-species PCR amplifikace a doposud objevené mikrosatelity u druhů řádu tučňáci, konzervované ptačí mikrosatelity a ptačí EST mikrosatelitové sekvence. V praktické části jsem testovala 171 párů primerů na cross-species PCR amplifikaci u potápky roháče. 113 testovaných párů primerů bylo izolováno z devíti druhů řádu tučňáci, 34 EST mikrosatelitů a 24 konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Na testování jsem použila genomickou DNA od šesti nepříbuzných druhů potápky roháče. Díky následné elektroforetické separaci jsem objevila celkem 19 polymorfních mikrosatelitů. Šest mikrosatelitů pochází z řádu tučňáci, od tučňáka nejmenšího a žlutorohého. Pět polymorfních konzervovaných ptačích mikrosatelitů a zbývajících osm EST polymorfních mikrosatelitů. Polymorfní mikrosatelity měly 2-8 alel. U polymorfních mikrosatelitů jsem určila optimální podmínky pro PCR reakci (teplotu annealingu a koncentraci hořečnatých iontů) a délku elektroforetické separace.

Abstract:

I dealt with polymorphism of Crested Grebe (Podiceps cristatus) using the method of cross-species PCR amplification testing microsatellites from representatives of order of Sphenisciformes, EST avian microsatellites and conserved avian microsatellites in my bachelor thesis. In the theoretical part I described order Podicipediformes, their taxonomy and description of the Crested Grebe. I dealt microsatellites, their cross-species PCR amplification and previously discovered microsatellites isolated from representatives of order of Sphenisciformes, EST avian microsatellites and conserved avian microsatellites. In the experimental part I tested 171 pairs of primers for cross-species PCR amplification of Crested Grebe. 113 of tested primer pairs were isolated from 9 species of Sphenisciformes, 34 of EST avian microsatellites and 24 of conserved avian microsatellites. I used a genomics DNA from six unrelated individuals of Crested Grebe. I have discovered 19 polymorphic microsatellites loci. Six of them have been from 2 species of the order of Sphenisciformes (Little Blue Penguin Eudyptula minor and Macaroni Penguin Eudyptes chrysolophus). Another five have been conserved avian microsatellites and the least eight have been EST avian microsatellites. Polymorphic microsatellites had 2-8 alleles. I determined optimal conditions for PCR amplification of polymorphic microsatellites (annealing temperature and concentration of magnesium ions) and the time of electrophoretic separation.

Keywords

Potápka roháč (Podiceps cristatus), mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, polymorfismus

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2016

Accessible from:: 6. 5. 2016

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology