Specifikace molekulárních motivů pomocí přirozeného jazyka

Bc. Radek Lukáš

Diplomová práce

Specification of Molecular Motifs Using Natural Language

Anotace:

Jazyk MotiveQuery je nový nástroj pro popis a analýzu proteinových motivů vyvíjený na Fakultě informatiky Masarykovy univerzity ve spolupráci s institucemi National Centre for Biomolecular Research (NCBR) a Central European Institute of Technology (CEITEC). Cílem této diplomové práce je vytvoření nástroje, který umožní překlad popisu molekulárních motivů z přirozeného jazyka do výrazů jazyka MotiveQuery a zjednoduší tak uživateli zadávání vstupních dat. Ve snaze naplnění tohoto cíle jsem implementoval knihovnu, která zpracovává vstupní data, převádí je na ekvivalentní výstupní data jazyka MotiveQuery a umožňuje jednoduchou rozšiřitelnost vstupních parametrů. Software je postaven na teoretickém základu analýzy přirozeného jazyka a konstrukce překladačů. Nástroj slouží jako pomocník pro rychlejší a srozumitelnější zadávání výrazů jazyka MotiveQuery.

Abstract:

MotiveQuery language is a new tool for describing and analyzing the protein motifs which is developing on The Faculty of Informatics at Masaryk University in cooperation with National Centre for Biomolecular Research institution (NCBR) and Central European Institute of Technology institution (CEITEC). The purpose of this work is to create tool that allow translation of the description of molecular motifs from the natural language expressions into the language of MotiveQuery and simplifies the work for user to input data. In order to achieve this goal, I have implemented a library that processes the input data, converts them into an equivalent output data of MotiveQuery language and allows for easy scalability of input parameters. Software is built on a theoretical basis for analysis of natural language and compiler construction. The tool serves as a helper for faster and more comprehensible language expressions of MotiveQuery language.

Klíčová slova

Přirozený jazyk, analyzátor, překladač, molekulární motiv, MotiveQuery.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 27. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2013
• Vedoucí: RNDr. David Sehnal, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Informatika / Informační systémy