Změny v genomu při vzniku kolorektálního karcinomu

Natálie HAVRANOVÁ

Bachelor's thesis

Changes in the genome of colorectal cancer

Abstract:

Bakalářská práce se věnuje rešerši literatury, ve které byly shrnuty ustálené i nové poznatky o vzniku kolorektálního karcinomu. V prvních kapitolách byly krátce rozebrány údaje o epidemiologické situaci kolorektálního karcinomu ve světě i Evropě a byla popsána jeho histologie a patologie. Stěžejní částí teoretické části bakalářské práce bylo sjednocení poznatků o klasifikaci kolorektálních karcinomů, která je nezbytná k prevenci tohoto onemocnění a je na ní nahlíženo z různých pohledů. Největší pozornost byla věnována molekulárně biologickému rozdělení vzniku kolorektálního karcinomu, které zahrnuje cestu chromozomální nestability, mikrosatelitové nestability a metylace CpG ostrůvků. Podrobněji jsou také popsány geny BRAF a PIK3CA, které jsou předmětem druhé, experimentální části práce. V experimentální části byla provedena mutační analýza genů BRAF a PIK3CA na souboru 88. vzorků pacientů s kolorektálním karcinomem. V tomto souboru byla nalezena aktivační mutace V600E v genu BRAF u pěti vzorků, což představuje 5,68 %. V genu PIK3CA byly detekovány 4 substituce, což odpovídá 4,55 %. 3 mutace byly nalezeny v kodonu 545. Ve dvou případech byla odhalena mutace c.1634 A>G (p.Glu545Gly) a mutace c.1633 G>A (p.Glu545Lys) byla nalezena v jednom vzorku. Čtvrtá mutace c.3140 A>G (p.His1047Arg) byla detekována v kodonu 1047. Frekvence nalezené aktivační mutace V600E v genu BRAF se shoduje s výsledky publikovanými v odborných časopisech. Četnost nalezených PIK3CA mutací je nižší než udávají publikace. Tuto diskrepanci připisujeme velikosti analyzovaného souboru vzorků a počtu testovaných mutací.

Abstract:

The theoretical part of the thesis is focused on a literature search in which I summarized settled and new findings of colorectal cancer formation. In the first chapters I approached the issue of colorectal cancer, then I briefly summarized the epidemiological data in the world and Europe and described its histology and pathology. The main part of the theoretical part of the thesis was to unify knowledge of the classification colorectal carcinomas, which is necessary to prevent this disease and it is viewed with different perspectives. I specially focused on molecular biological division of colorectal cancer formation, which involves a chromosomal instability, microsatellite instability, and methylation of CpG islands. More detailed I described BRAF and PIK3CA genes that were subject of the second part of this thesis. In the experimental part was performed mutational analysis of the genes BRAF and PIK3CA on a set of 88 samples of patients with colorectal cancer. In the total number of 88 samples were found activating mutation V600E in BRAF gene in 5 samples, which represents 5,68 %. In the PIK3CA gene were detected four substitutions corresponding to 4.55%. 3 mutations were found at codon 545. In two cases was revealed mutation c.1634 A>G (p.Glu545Gly) and the mutation c.1633 G>A (p.Glu545Lys) was found in one sample. The fourth mutation c.3140 A> G (p.His1047Arg) was detected at codon 1047. The frequency of activating mutations found in the BRAF V600E is consistent with results published in scientific articles. The frequency of found PIK3CA mutations is lower than publication indicate. We attribute this discrepancy to size of the analyzed sample set and to number of observed mutations.

Keywords

Kolorektální karcinom (CRC), chromozomální nestabilita, mikrosatelitová nestabilita, metylace CpG ostrůvků, BRAF, PIK3CA, mutační analýza

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2015

Accessible from:: 30. 4. 2015

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Arpád Bóday

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology