Využití techniky AFLP fingerprintingu ve šlechtění řepky

Ing. Petra CUŘÍNOVÁ

Master's thesis

The application of AFLP fingerprinting in breeding of Brassica napus

Abstract:

Metoda AFLP se obecně používá při šlechtění některých jiných druhů plodin, u řepky tak obvyklá není. AFLP markery jsou využívány zejména pro molekulární charakteristiku a hodnocení genetické diverzity. Cílem této diplomové práce bylo využití této techniky ve šlechtění řepky a porovnání původu českých, slovenských a německých odrůd mezi sebou. Metoda je založená na principu selektivní amplifikace genomové DNA. Postup se skládá ze tří základních kroků: 1. rozštěpení genomické DNA na fragmenty, na něž se naligují adaptory, 2. selektivní amplifikace fragmentů pomocí speciálních primerů a 3. elektroforéza produktů a počítačová analýza (Vos et al., 1995). Bylo studováno 16 českých a československých odrůd a 16 německých odrůd řepky, které byly vzájemně porovnány. Dále byly pro AFLP analýzu vybrány dva specifické primery EcoRI AGC a fluorescenčně značený primer MseI ACC. Pomocí AFLP fingerprintingu lze skupinu českých, československých a německých odrůd majících původ v genových zdrojích z oblasti Německa a České Republiky odlišit, i přesto že dochází k častému křížení odrůd mezi sebou. Metodou AFLP se tedy dají zachytit i velmi malé rozdíly v genetické základně. Rozdíly mezi studovanými odrůdami sice existují ale nejsou výrazné a ukazuje to na jistou příbuznost a zúžení genetické základny genových zdrojů, které jsou používány ve střední Evropě.

Abstract:

AFLP markers are widely used in breeding in some other crops, but their utilization in breeding of Brassica crops is not so frequent. AFLP markers are used for molecular characterization of particular varieties or genotypes and for evaluation of genetic diversity. The aim of this thesis was the application of this method in breeding of rapeseed and in comparative study of genetic variability of different oil seed rape cultivars of Czech, Czechoslovak and German origin. AFLP is based on selective amplification of genomic DNA. Technique consists of three basic steps: 1. restriction of genomic DNA on smaller fragments and ligation of adaptors; 2. selective amplification of fragments with specific primers and 3. electrophoresis of products and computer analysis (Vos et al., 1995). In this thesis 16 Czech (CZ) and Czechoslovak (CZS) and 16 German (G) cultivars of oilseed rape were compared. Two specific primers, EcoRI AGC and fluorescence labeled primer MseI ACC, were chosen for AFLP method. It was possible to distinguish group of CZ/CZS and G cultivars, which have origin in gene resources from Czech Republic and Germany. AFLP technique allows detection of very small differences in Brassica genome. The differences between studied cultivars exist, but they are not very distinct. They show on certain relationship and reduction of genetic basis of genetic resources, which are used in Central Europe.

Keywords

AFLP, fingerprinting, marker, Brassica napus, odrůdy, šlechtění

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2008

Accessible from:: 30. 4. 2008

Identifier: 7634

Thesis defence

• Date of defence: 16. 6. 2008
• Supervisor: prof. Ing. Vladislav Čurn, Ph.D.

University of South Bohemia in České Budějovice

Faculty of Agriculture

Master programme / field:
Agriculture Engineering / Rostlinné biotechnologie