Proteomická charakterizace sekretovaných proteinů u gramnegativních bakterií rodu Pseudomonas

Lucie DOSTÁLOVÁ

Bakalářská práce

Proteomic analysis of secreted proteins from Pseudomonas species

Anotace:

Tato práce byla věnována proteomické analýze sekretovaných proteinů z gramnegativních bakterií rodu Pseudomonas, konkrétně kmenů Pseudomonas prosekii 2673, Pseudomonas sp. 2433. Jedná se o bakterie, které se vyskytují volně v přírodě a jejich studium by mohlo přinést zajímavé poznatky z hlediska identifikace sekretovaných proteinů, z nichž některé mohou představovat potenciální antimikrobiální látky. K tomuto účelu byl sestaven protokol sestávající se z následujících kroků: precipitace proteinů, elektroforetické separace, proteolytického štěpení a přečištění peptidů na C18 reverzní fázi s následnou MS detekcí a bioinformatickým zpracováním získaných dat. Celkem bylo identifikováno 1514 proteinů, z nichž bylo 389 predikováno jako sekretovaných. Navržený postup je tedy pro identifikaci proteinů sekretovaných bakteriemi použitelný a do budoucna by tak mohl přinést požadované výsledky.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was proteomic analysis of secreted proteins from the gramnegative bacteria Pseudomonas, namely from strains Pseudomonas prosekii 2673 and Pseudomonas sp. 2433. These bacteria have recently been discovered in Antartic nature and some of their extracellular proteins show promising antimicrobial activity. For the study of proteins secreted by these bacterial species, an experimental protocol was designed that consisted of following steps: protein precipitation, electrophoretic separation, proteolytic digestion and peptide purification on C18 reversed phase with subsequent MS detection and bioinformatic analysis of the obtained data. Altogether, more than 1500 proteins were identified, from which 389 proteins were predicted as potentially secreted. This data suggests that the proposed protocol is suitable for rutine identification of proteins secreted by bacteria and as such, it can deliver many interesting findings in the near future.

Klíčová slova

Buněčná sekrece, sekretované proteiny, bakterie, Pseudomonas, proteomika, hmotnostní spektrometrie

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 2. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Ivo Chamrád, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie