Strukturní dynamika RNasy H2

Petra HUBÁČKOVÁ

Bakalářská práce

The structural dynamics of RNase H2

Anotace:

Tato bakalářská práce se zabývá RNasou H2, která je zde v komplexu s RNA/DNA hybridem. V teoretické části je charakterizovaná struktura a aktivní místo enzymu. Také jsou zde popsány metody molekulární dynamiky a mechaniky. Praktická část je zaměřena na studium chování struktury v molekulární dynamice. Je zde pozorován vývoj systému v čase a jeho stabilita. Zkoumá se zde vliv mocenství kladně nabitých iontů přítomných v aktivním místě. Tyto molekulárně dynamické simulace byly provedeny pomocí nástrojů, které jsou obsaženy v softwarovém balíku AMBER 12.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on behavior of the RNase H2 in complex with RNA/DNA hybrid. The theoretical part deals with characterization of the studied structure and description of the active site of an enzyme. Moreover, there are also described methods of the molecular dynamics and mechanics. The practical part presents results of molecular-dynamics simulations of RNase H2 complex. Attention is concentrated on behavior the active site and the influence of the valence of positively charged ions presented in the active site. The molecular-dynamic simulations were conducted using the tools contained in the software pack AMBER 12.

Klíčová slova

RNasa H2, RNA/DNA hybrid, molekulárně dynamické simulace

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 4. 5. 2016

Zveřejnit od: 4. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Petra Kührová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie / Aplikovaná chemie