Rychlá identifikace ESBL pozitivních vzorků metodou real-time PCR

Bc. Šárka Dosoudilová

Master's thesis

Rapid identification of ESBL positive samples using real-time PCR

Anotácia:

Přímá diagnostika geneticky podmíněné antimikrobiální rezistence je potenciálně využitelná pro zahájení včasné a účinné léčby pacientů s bakteriálními onemocněními. Cílem diplomové práce je vývoj metody pro rychlou detekci a identifikaci genů kódujících rezistenci zejména enterobakterií vůči širokospektrým beta-laktamovým antibiotikům. Rezistence k širokospektrým antibiotikům je podmíněna zejména produkcí enzymů beta-laktamáz typu ESBL. Mezi klinicky nejvýznamnější enzymy ESBL u enterobakterií detekované v České republice patří typy CTX-M a SHV. Pro detekci genu blaCTX-M kódujícího CTX-M beta-laktamázy a pro detekci variant genu blaSHV byla vyvinuta metoda real-time PCR s využitím LNA (locked nucleic acid) oligonukleotidů. Práce byla podpořena projektem Ministerstva průmyslu a obchodu (IGA MZ ČR 9950-3).

Abstract:

Direct diagnostics of genetically determined antimicrobial resistance is potentially useful for the initiation of early and effective treatment of patients with bacterial diseases. The main goal of this thesis is to design a method for rapid detection and identification of genes encoding resistance of Enterobacteriaceae to broad-spectrum beta-lactam antibiotics. Resistance to broad-spectrum antibiotics depends primarily on the production of enzymes (extented-spectrum beta-lactamases). Among the clinically most important ESBL enzymes in Enterobacteriaceae detected in the Czech Republic are types of CTX-M and SHV. A new method based on real-time PCR technology using LNA (locked nucleic acid) oligonucleotides was developed for detection of blaCTX-M gene which encodes CTX-M beta-lactamases and detection of blaSHV gene variant. This thesis was funded by a project of the Ministry of Industry and Trade of the Czech Republic (IGA MZ ČR 9950-3).

Kľúčové slová

ESBL, real-time PCR, antibiotická rezistence, beta-laktamázy, tracheální aspirát

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2013
• Vedúci: RNDr. Radek Horváth, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics