Analýza a charakteristika vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádu trubkonosí u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus)

Bc. Veronika ADÁMKOVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from order Procellariiformes in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus)

Abstract:

Náplní mé diplomové práce bylo analyzovat a charakterizovat polymorfní mikrosatelity u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus). V teoretické části jsem nastínila fylogenetické vztahy kladu Aequorlitornithes. Dále jsem se zabývala zařazením a charakteristikou pelikána bílého do systému, konkrétně jsem popsala rod pelikán a druh pelikán bílý. Poslední součástí teoretické části byla charakteristika mikrosatelitů, jejich mutace a také využití. V neposlední řadě jsem také popsala metody izolace (de novo, cross-species a in silico). V experimentální části jsem využila metodu cross-species PCR amplifikace. K dispozici jsem měla celkem 42 mikrosatelitů, které jsem charakterizovala na 21 nepříbuzných jedincích pelikána bílého, které byly primárně navrženy pro studium variability druhů z řádu trubkonosí z čeledi albatrosovití, buřňákovití a buřňáčkovití a z řádu dlouhokřídlí z čeledi kulíkovití. Celkem jsem potvrdila polymorfismus u 36 mikrosatelitů, provedla genotypizaci a charakterizovala jsem je pomocí programů Genopop a Cervus 3.0.7.

Abstract:

The content of my master thesis was to analyze and characterize polymorphic microsatellites in the white pelican (Pelecanus onocrotalus). I outlined phylogenetic relationships in the clade Aequorlitornithes in the theoretic part. Furthermore, I dealt with classification and characteristics of white pelican into the system, particularly I described genus pelican and species white pelican. The last component of the theoretic part was characteristics of the microsatellites, their mutations, utilization and description of the isolation methods (de novo, cross-species and in silico). I used method of cross-species PCR amplification in the experimental part. I had 42 microsatellites available which I characterized on 21 unrelated individuals of white pelican, which were primarily estimated for study of species variability from order tubinares (Procellariiformes) from family albatrosses (Diomedeidae), procellariids (Procellariidae) and hydrobatides (Hydrobatidae) and from order Charadriiformes and family Charadriidae. I confirmed polymorphism in 36 microsatellites all together, I did their genotypization and I characterized them by programs Genopop and Cervus 3.0.7.

Keywords

pelikán bílý, Pelecanus onocrotalus, trubkonosí, cross-species PCR amplifikace, mikrosatelit

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 8. 2021

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Teaching Training in Biology for Secondary Schools / BIma-CHmi