Analýza a charakteristika vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus).

Bc. Hana KREMLOVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from order Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus).

Abstract:

Tato diplomová práce se věnuje analýze a charakteristice vybraných polymorfních mikrosatelitů nalezených prostřednictvím cross-species PCR amplifikace u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus). Teoretická část této práce se zabývá převážně vztahy mezi jednotlivými čeleděmi v řádu Pelecaniformes, které se v průběhu několika let mnohokrát měnily. Další kapitoly jsou zaměřené na mikrosatelity, jejich charakteristiku, vznik, mezidruhové testování a možné problémy vznikající v průběhu jejich PCR amplifikace. V neposlední řadě je popsáno cross species PCR testování mikrosatelitů u pelikánů, respektive u pelikána bílého. Experimentální část je zaměřená na PCR amplifikaci vybraných polymorfních mikrosatelitů, původně nalezených u zástupců z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů, které byly v mé bakalářské práci (Kremlová, 2019) vyhodnocené jako polymorfní. Celkem 32 párů primerů amplifikovalo na DNA 21 nepříbuzných jedinců pelikána bílého 34 polymorfních lokusů, u kterých jsem dále analyzovala jejich parametry a zjišťovala výskyt vazby mezi dvojicemi lokusů či vazby na pohlaví.

Abstract:

This master thesis deals with the analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites found by cross-species PCR amplification in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus). The theoretical part of this thesis I described the phylogeny of individual families in the order Pelecaniformes, which has changed many times over the years. The next chapters are focused on microsatellites, their characteristics, origin, cross-species testing and possible problems during their PCR amplification. In the last section of the theoretical part is described cross-species PCR testing of microsatellites in pelicans, respectively in Great White Pelicans. The experimental part is focused on PCR amplification of selected polymorphic microsatellites, originally found in penguins and universal avian microsatellites, which were evaluated as polymorphic in my bachelor thesis (Kremlová, 2019). A total of 32 primer pairs amplified on DNA 21 unrelated individuals of the Great White Pelican 34 polymorphic loci. Using two population-genetic programes, I analyzed their parameters and determined the occurrence of linkage between pairs of loci or linkage to sex chromosomes.

Keywords

Cross-species PCR amplifikace, mikrosatelit, pelikán bílý, Pelecanus onocrotalus, univerzální ptačí mikrosatelity, tučňáci

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2021

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology