Jednonukleotidové polymorfizmy genů imunitní odpovědi koně

Bc. Michaela Nečesánková, Ph.D.

Master's thesis

Single nucleotide polymorphisms of selected immunity-related genes in the domestic horse

Abstract:

Cílem diplomové práce bylo identifikovat jednonukleotidové polymorfizmy vybraných genů přirozené imunity koně a vypracovat metody jejich genotypizace s cílem využít je pro další práce jako markerů v asociačních studiích. Použitím specifických primerů bylo u genu IL- 1RA nalezeno 7 jednonukleotidových polymorfizmů, všechny v oblasti mezi 3. a 4. exonem. U genu TLR2 byla nalezena 3 polymorfní místa, všechna v exonu 3, v jednom případě se jednalo o nesynonymní substituci. U genu COX- 2 byly lokalizované 3 polymorfizmy nacházející se v intronu 5. MyD88 se nepodařilo amplifikovat, vzhledem k mezidruhovým rozdílům v sekvenci tohoto genu a primery navrženými podle sekvencí myši a člověka. U genu MD- 2 nebyla v analyzované části nalezena žádná polymorfní místa. Na základě zjištěných sekvencí, byly vypracovány metody genotypizace pomocí PCR-RFLP. Nalezené jednonukleotidové polymorfizmy mohou být dále využívány jako SNP markery pro asociační studie. Dosavadní analýzy neodhalily asociaci mezi SNP v genu IL- 1RA a infekcí baktérií Lawsonia intracellularis, a mezi genem TLR2 a infekcí virem západonilské horečky.

Abstract:

The aim of this thesis was to identify single nucleotide polymorphisms of selected genes related to innate immunity in the domestic horse and to establish methods of their genotyping for the purpose of assessing associations with specific diseases. By using horse-specific primers and the PCR-RFLP method, 7 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were found within the gene IL-1RA, all of them being located between exons 3 and 4. 3 SNPs were identified in the gene TLR2, all located in exon 3, one of them being a non-synonymous substitution. 3 SNPs were found in the gene COX-2, located in intron 5. We did not succeed to amplify the gene MyD88, due to inter-species differences, as revealed after the complete horse genomic sequence became available. No polymorphism was found within the analyzed part of the gene MD- 2 . Based on the sequences determined, a PCR-RFLP method for genotyping selected SNPs was developed. These SNP markers thus could be used for association analyses. No association between IL- 1RA and infections caused by bacterial pathogen Lawsonia intracellularis and between TLR2 and infections caused by the West-Nile fever virus were found.

Keywords

genom koně, imunitní geny, polymorfismus, Lawsonia intracellularis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 5. 2007

Thesis defence

• Date of defence: 12. 6. 2007
• Supervisor: MVDr. Ján Matiašovic, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics