Vliv meziplatformové normalizace genových expresních dat na výkonnost genových expresních signatur

Bc. Tereza Tlamková

Bakalářská práce

Effect of cross-platform normalization on the performance of gene expression signatures

Anotace:

Nádorová onemocnění jsou v dnešní době velmi častou příčinou úmrtí. Časná diagnóza, hodnocení a záznam nádorových onemocnění je velmi důležitý. Záznam a následné hodnocení výsledků nádorových onemocnění je možný díky genové expresi nádorových buněk. Profily genové exprese mohou být změřeny pomocí mnoha druhů metod a platforem. Každá platforma pro analýzu genových expresních dat generuje data s odlišnými hodnotami a s různým rozložením. V tom případě není možné výsledky na různých platformách integrovat a není možné je jednoznačně interpretovat. Proto meziplatformová normalizace hraje klíčovou roli při hodnocení genových expresních dat napříč všemi platformami. Proto se tato bakalářská práce zabývá problematikou normalizace napříč mnoha platforem.

Abstract:

Nowadays tumor diseases are very common cause of death. Early diagnosis, evaluation and recording tumor diseases is very important. Recording and next evaluation of the results of tumor diseases is possible by gene expression of tumor cells. Gene expression profiles may be analyzed by many types of methods and platforms. Each platform for the analysis of gene expression generates data of different scale and distribution. Therefore the results from different platforms can not be easily integrated nor easily interpreted. Cross-platform standardization therefore plays a key role in the evaluation of gene expression data across all platforms. This thesis deals with the issue of standardization across multiple platforms.

Klíčová slova

Estrogenový receptor, Karcinom prsu, Mikročip, RNAseq, UPC, Estrogen receptor, Breast cancer, Microarray

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 25. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2015
• Vedoucí: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Matematická biologie