Využitelnost hmotnostní spektrometrie (MALDI - TOFF) v identifikaci salmonel a odlišení od jiných bakterií z čeledi Enterobacteriaceae. Určování a výskyt sérovarů Salmonella Enteritidis v materiálu synlab czech s.r.o

Zuzana WIMMEROVÁ

Bachelor's thesis

Applicability of Mass spectrometry ( MALDI-TOF ) to classification and differentiation of other bacteria from genus Enterobacteriacae. Identification and incidence of Serovars Salmonela Enteritidis in matter from Synlab Č.B.

Abstract:

Rod Salmonella je poměrně častá příčina průjmových onemocnění, které se u nás velmi často vyskytuje. Toto téma jsem si vybrala proto, že diagnostika salmonel je velmi náročná z důvodu možnosti záměny s jinými bakteriemi z čeledi Enterobacteriaceae a dále je velmi složitá, protože existuje velké množství sérotypů salmonel.Má bakalářská práce je rozdělená do dvou větších úseků. První úsek se zabývá literární rešerší, týkající se rodu Salmonella. Nejprve jsem v teoretické části popsala bakteriální buňku, která je důležitá, z toho důvodu, protože pomocí složení buněčné stěny můžeme rozlišit grampozitivní a gramnegativní bakterie a tím vyloučit při mikroskopii grampozitivní bakterie a pomocí tohoto údaje můžeme určit užší okruh bakterií, což nám usnadní identifikaci. Dále jsem se zabývala Kauffmann - Whiteovým schématem, podle něhož rozlišujeme jednotlivé sérotypy rodu Salmonella. Toto schéma je velmi důležité z hlediska diagnostiky a zařazení určovaného sérotypu. Dále následuje rozdělení rodu Salmonella dle typu infekceV druhém úseku mé bakalářské práce se věnuji metodice, což je kapitola, která shrnuje postup, jenž se využívá při stanovování salmonel. Nejrozsáhlejší je laboratorní část, která obsahuje diagnostiku od kultivace, přes mikroskopie, izolace jednotlivých kmenů a citlivost na jednotlivá antibiotika, dále se zde zabývám sklíčkovou aglutinací, latexou aglutinací, metodou MALDI TOFF a fenotypickou řadou. Cílem mé práce bylo porovnat metodu MALDI TOFF s jinými fenotypickými metodami při určování rodu Salmonella. Nejlepší řešení v diagnostice salmonel je podle mého názoru přístroj MALDI TOFF, který je nejrychlejší metodou v porovnání se sklíčkovou aglutinací a fenotypickou řadou API 20E. Bohužel MALDI TOFF zná pouze taxon Salmonella enterica subsp. enterica, tudíž pomocí této metody nelze určit sérotyp rodu Salmonella. Metoda MALDI TOFF je srovnatelná s latexovou aglutinací, pomocí níž odlišíme salmonelu. Velmi výhodnou metodou shledávám sklíčkovou aglutinaci, která je nejen rychlá, ale i přesná. Umí rozpoznat velké množství sérotypů, což je u rodu Salmonella velmi důležité, nejen kvůli zjištění příčiny nemoci, ale také kvůli zjištění zdroje nákazy. Nejlepší metodou po finanční stránce je metoda sklíčkové aglutinace, kde jsou levná séra, ani jejich spotřeba není vysoká. Bohužel pokud určujeme méně známý sérotyp, většinou v laboratoři není dostatek sér. V laboratoři je jen omezené množství sér, které nám pomohou určit jen nejčastější sérotypy. Druhé místo v oblasti finanční má hmotnostní spektrometr, který má sice vysokou pořizovací cenu, ale jeho provoz není tak finančně náročný. Nejdražší metodou je fenotypická řada. Dalším cílem mé práce bylo zjistit výskyt rodu Salmonella ve všech ročních obdobích. Zjistila jsem, že nejvíce vyskytujícím se sérotypem je Salmonella Enteritidis, poté Salmonella Montevideo a v těsné blízkosti za ní Salmonella Typhimurium. Salmonella Enteritidis se v materiálu synlab czech,s. r. o. se objevila celkem 601krát. Salmonella Typhimurium se vyskytla v materiálu synlab czech,s.r.o. celkem 31krát a Salmonella Montevideo byla čítána 13krát. Celkově jsem za rok 2013 napočetla 701 kmenů. Zde jsem sledovala také "exotičtější" sérotypy, které sem byly dovezeno podle mého názoru z turistických destinací s nižší hygienickou úrovní. Nejvyšší výskyt byl na podzim (září, říjen, listopad) 268 kmenů. Druhý nejčastější výskyt byl v letních měsících (červen - srpen), to se diagnostikovalo celkem 224 salmonel. V zimě bylo 124 kmenů a na jaře 105 kusů. Nejvyšší výskyt salmonel byl překvapivě v měsíci září, kdy bylo zachyceno 128 kusů. Nejméně záchy

Abstract:

tů bylo v měsíci březnu, kdy bylo nalezeno 24 kmenů.

Abstract:

Salmonella is a relatively common cause of diarrheal disease, which occurs in our country very often. Reason to choose this topic? Diagnostics of salmonella is very difficult because of the possibility of confusion with other bacteria of Enterobacteriaceae family and large number of Salmonella serotypes. This bachelor thesis is divided into two major sections. The first section deals with the literary searchers related to the genus Salmonella. In the theoretical part I described prokaryotic cell. That is difficult because according to cell membrane we differentiate gram positive and gram negative bacterium. It will facilitate the identification of bacterium. Then I dealt with Kauffmann - White's scheme, by which are distinguish the deferent serotypes of the genus Salmonella. The largest part is the laboratory part, in which are cultivation, microscopy, isolation, antibiotic sensitivity test. There is something about slide agglutination, latex agglutination, MALDI TOFF and phenotypic characterization. The aim of this work was to compare the method MALDI TOFF with other phenotypic methods at determination the genus Salmonella. The best solution in diagnosis of salmonella is in my opinion a device MALDI TOFF, which is the fastest method in comparison with the slide agglutination and number of phenotypic API 20E Unfortunately MALDI TOFF knows only taxon Salmonella enterica, and so by means of this methods it is impossible to determine serotype of genus Salmonella. The method MALDI TOFF is comparable to latex agglutination, by means of that we can differentiate salmonella. I find slide agglutination very advantageous, which isn't only fast, but also accurate. It can recognize a large number serotype, which is for salmonella very important. Not only because finding out cause of disease, but also because of identify of cause source infection. For financial is the best slide agglutination method, which are inexpensive serum either the consumption isn't high. Unfortunately we determine less known serotype, so mostly isn't enough serum in a laboratory. In the laboratory is only limited amount of serum, which will help us identify just the most common serotypes. Second place in the financial has a mass spectrometer, which has although a high economic acquisition price, but working isn't so financial intensive. The most expensive method is phenotypic range. The next aim of my work was to find out occurrence of genus Salmonella in a all seasons. I have found out, that's the most by found serotype is Salmonella Enteritidis, next is Salmonella Montevideo, and then close behind Salmonella Typhimurium. Salmonella Enteridis appeared in material synlab czech,s.r.o. 601 times total. Salmonella Typhimurium appeared in material synlab czech,s.r.o. 31 times total and Salmonella Montevideo 13 times. Overall I computed 701 tribes for year 2013. Also I also looked at the "exotic" serotypes that were imported here in my opinion from a tourist's destinations with lower levels of hygiene. The highest incidence was in the fall (September, October, November) - 268 tribes. The second most frequent occurrence was in summer months (June - August). In this cases was diagnosed 224 salmonella in total. In the winter there were 124 genus and in spring there were 105. The most frequent occurrence was surpisingly in September - in total 128. The less result was measured in March with count of 24 genus.

Keywords

Salmonelóza, sklíčková aglutinace, MALDI TOFF

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2014

Accessible from:: 5. 5. 2014

Thesis defence

• Supervisor: MUDr. Radim Kramář, CSc.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Studies

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Technician