Laboratorní diagnostika SARS-CoV-2 v Nemocnici Strakonice, a.s. v roce 2020/21

Eliška SOKOLOVÁ

Bachelor's thesis

Laboratory diagnostics of SARS-CoV-2 at Strakonice Hospital in 2020/21

Anotácia:

V prosinci 2019 byl v Číně objevený nový druh beta-koronaviru SARS-CoV-2, který způsobuje onemocnění COVID-19. Zlatým standardem laboratorní diagnostiky je RT-PCR v reálném čase. Další alternativu přímého průkazu SARS-CoV-2 představují antigenní testy. V období leden-únor 2021 byla metodou real-time RT-PCR ověřována spolehlivost antigenních testů od firmy Abbott. U 48 vzorků, které měly pozitivní antigenní test, bylo následně prováděno referenční PCR vyšetření. Pouze 1 osoba vykazovala falešně pozitivní reakci antigenního testu. Současně bylo PCR metodou vyšetřováno i 80 konsekutivních vzorků od symptomatických pacientů Nemocnice Strakonice, a.s., kteří měli negativní antigenní test. Celkem 16 osob vykazovalo falešně negativní reakci. Dále byl zpracován statistický přehled PCR testů provedených v Centrálních laboratořích Nemocnice Strakonice, a.s. v roce 2020/21. V tomto období bylo vyšetřeno celkem 78 222 vzorků, z toho 17 622 osob s pozitivním výsledkem. Za nejvíce kritické pandemické období je považováno jaro 2021, kdy procento pozitivity všech vyšetřených osob dosáhlo 45,8 %. Zajímavým zjištěním byla vysoká míra pozitivity v kategorii 60+. Naopak v podzimní vlně 2021 bylo zaznamenáno vysoké procento pozitivity u dětí do 15 let, které se do té doby testovaly minimálně. Real-time RT-PCR je časově i finančně náročná metoda a vyžaduje kvalifikovaný personál pro její provedení. Naopak antigenní testy představují rychlou a jednoduchou variantu možné detekce SARS-CoV-2. V POCT režimu jsou kvalitní antigenní testy spolehlivou alternativou testování, a to převážně u symptomatických jedinců. V důsledku výskytu falešně negativních reakcí, je i přesto doporučováno ověřovat negativní antigenní výsledky pomocí PCR.

Abstract:

In December 2019, a new type of beta-coronavirus SARS-CoV-2 was discovered in China causing COVID-19. The gold standard of laboratory diagnostics is real-time RT-PCR. Antigen testing is another alternative for the direct detection of SARS-CoV-2. From January to February 2021, the reliability of antigen tests from Abbott was verified by real-time RT-PCR. Out of the 48 antigen-positive samples, only one patient was tested PCR negative. At the same time, 80 consecutive samples from symptomatic patients at Nemocnice Strakonice, a.s. were examined by PCR, which were tested negative by the antigen tests. Among these samples, 16 were tested PCR positive. The statistics of PCR tests performed in the Central Laboratories of the Nemocnice Strakonice, a.s. in 2020/21 was elaborated. During this period, 78,222 samples were examined, of which 17,622 had a positive result. The most critical pandemic period was considered spring 2021, when all samples' positivity amounted to 45,8 %. An interesting fact was the high level of positivity in the category 60+. Contrary to the spring wave in 2021 - in autumn 2021, a high positivity was appeared in the category of children under 15 years old, who had been tested minimally until that time. Real-time RT-PCR is a time-consuming and costly method, which requires a qualified laboratory staff. On the contrary, antigen tests are a quick and easy alternative to direct detecting SARS-CoV-2. In the POCT mode, high-quality antigen tests are a reliable alternative, primarily for symptomatic individuals. Nevertheless, it is advised to confirm negative antigen results using PCR to prevent a false-negative antigen reaction.

Kľúčové slová

Koronavirus, SARS-CoV-2, COVID-19, real-time RT-PCR, antigenní testy

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 29. 4. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: RNDr. Jana Fleischmanová, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / odbor:
Specialization in Health Service / Health Technician