Mikrobiomy komářích hostitelů: metodologická revize dosavadní praxe s využítím amplikonového sekvenování na Illumina platformách

Eliška JUHAŇÁKOVÁ

Bakalářská práce

Anotace:

Zástupci dvoukřídlého hmyzu patřící do čeledi komárovitých (Culicidae) jsou častí vektoři patogenů, které mohou u lidí vyvolat smrtelné nemoci. Jejich vektorová kapacita úzce souvisí se složením jejich mikrobiomu. Bakteriální komunity jsou buď děděny od rodičů, nebo jsou získávány z prostředí. Tato práce se zabývá metodologickou revizí dosavadní praxe s využitím amplikonové sekvenace na Illumina platformách. V této práci je porovnáván vliv použití odlišných prezervačních přístupů na profil mikrobiomu komárů. Dále je v této práci determinován biologický templát vhodný pro realistický popis střevního mikrobiomu komárů a posuzován vliv poolování vzorků (klasický epidemiologický přístup analýzy) na výsledný profil mikrobiomu.

Abstract:

Representatives of the order Diptera from the mosquito family (Culicidae) are important vectors of human pathogens causing fatal diseases. Their vectorial capacity is closely related to their microbiome composition. Bacterial communities are either inherited from their parents or are obtained from the environment. This thesis deals with the methodological revisions of common approaches used for mosquito microbiome studies with the use of amplicon sequencing on Illumina platforms. This thesis evaluates effects of using different preservative approaches on the profile of mosquito microbiome. Furthermore, it determines the biological template suitable for realistic description of mosquito intestinal microbiome and assesses effects of sample pooling (classical epidemiological approach) on the resulting microbiome profile.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 4. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Biologie