Porovnání detekce SARS-CoV-2 v nasopharyngeálních stěrech a kloktacích samoodběrových vzorcích.

Bc. Kateřina KUBÁŇOVÁ

Diplomová práce

Comparison of SARS-CoV-2 detection in nasopharyngeal swabs and self-collected gargle samples

Anotace:

Včasná a spolehlivá diagnostika SARS-CoV-2 je nezbytná pro kontrolu přetrvávající pandemie COVID-19. Současným standardem pro testování přítomnosti infekce SARS CoV-2 je detekce pomocí real-time RT-PCR ze vzorků nasopharyngeálních stěrů. V důsledku globálního nedostatku ochranných pomůcek, diskomfortu spojeným s odběrem nasopharyngeálního stěru, potřebou odborného zdravotního personálu a vystavení personálu riziku nákazy z přítomného aerosolu, je ve všeobecném zájmu zavedení vhodné odběrové alternativy. Cílem této práce byla validace komerční samoodběrové kloktací soupravy GARGTEST, nového systému, který přináší příjemnější odběr, snadnější transport a skladování vzorků určených k detekci přítomnosti viru SARS CoV 2. Validace proběhla na základě srovnání výsledků detekce SARS-CoV-2 ve 724 párových vzorcích nasopharyngeálních stěrů a samoodběrů kloktáním pomocí multiplex real-time RT-PCR. Ve studii byla prokázána vysoká senzitivita (0,885) a specificita (0,958) nového systému a také silná shoda ([] = 0,848) mezi detekcí SARS-CoV-2 v nasopharyngeálních stěrech a samoodběrech kloktáním. Svou jednoduchostí a dostupností může odběr pomocí sady GARGTEST, spolu s detekcí RT-PCR, napomoct včasnému záchytu nakažených pacientů a tím zabránit dalšímu šíření viru v populaci.

Abstract:

Early and reliable detection of SARS-CoV-2 is one of the most important measures to control the COVID-19 pandemic. The current standards for SARS-CoV-2 diagnostics recommend RT-PCR testing using nasopharyngeal swabs. Due to a global shortage of personal protective equipment, discomfort associated with nasopharyngeal swab collection, the need for trained healthcare profesionals and the risks associated with their exposure to the virus-containing aerosols, there is a great interest in alternatives to nasopharyngeal speciment. The aim of this study was to validate commercially available self-sampling gargle collection kit GARGTEST as a new system, that provides a less invasive sampling experience, enables easier transportation and storage of samples for SARS-CoV-2 detection. Validation was based on comparison of SARS-CoV-2 detection in 724 paired nasopharyngeal swabs and self-collected gargle samples, using multiplex real-time RT-PCR. Results showed high sensitivity (0,885) and specificity (0,958) of the new self-sampling method and also presented a strong agreement ([] = 0,848) between SARS-CoV-2 detection in nasopharyngeal swabs and gargling samples. Because of its simplicity and availibility, GARGTEST self-sampling, together with RT-PCR testing, could facilitate an early detection of infected individuals, preventing the spread of the virus within population.

Klíčová slova

SARS-CoV-2, COVID-19, koronavirus, samoodběr, nasopharyngeální stěr, GARGTEST, kloktání, RT-PCR

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 7. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Vladimíra Koudeláková, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie