Analýza interaktomu proteinů účastnících se posttranskripčních modifikací RNA

Bc. Michaela Dohnálková

Master's thesis

Analysis of the protein-protein interactions between RNA modifying factors

Anotácia:

Posttranskripční modifikace RNA jsou nedílnou součástí života RNA. Nejčastější modifikací molekul mRNA je m6A, která se podílí na sestřihu, stabilitě a/nebo translaci mRNA. Deregulace v množství či pozici m6A modifikací vedou k řadě defektů uvnitř buňky, stejně jako v celém organismu. Celkový obraz účinků této modifikace není dosud znám. Jedním z proteinů, které umožňují dynamické odstanění modifikace je ABH5. Cílem této práce je, zaprvé, určení proteinových interakcí ABH5 pomocí metody BioID následované optimalizací proteinové immunoprecipitace. Zadruhé, připravit ABH5 knockout buněčnou linii a zatřetí identifikovat RNA vázané na ABH5 pomocí RNA imunoprecipitace a PCR.

Abstract:

RNA posttransciptional modifications are an essential part of RNA life. The most prevalent internal modification of messenger RNA (mRNA) is N6-methyladenosine m6A. It can regulate several aspects of RNA metabolism such as splicing, stability or translation of mRNA. Deregulation in the amount or specific position of m$^6$A modification along RNA leads to number of defects inside the cell as well as the whole organism. A complete view of the effects of this modification in not fully known yet. One of the enzymes responsible for dynamic removal of this modification is ABH5. The goals of this study are: first, to identify the protein interactor partners of ABH5 by BioID followed by optimization of immunoprecipitations, second, to prepare ABH5 lacking cell line, third, to identify RNAs bound by ABH5 by RNA immunoprecipitation followed by PCR.

Keywords

RNA modifikace, protein-proteinové interakce, m6A, ABH5, BioID, RNA modifications, protein-protein interactions

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2019
• Vedúci: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.
• Oponent: Ph.D. Jaclyn Elizabeth Quin

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics