Modelling module back-end for e-cyanobacterium.org

Marek Havlík

Bachelor's thesis

Anotácia:

Práce je zaměřena na portál e-cyanobacterium.org. Hlavním cílem práce je vyvinout nový modul pro ukládání a údržbu dynamických modelů. Nový modul koresponduje se specifikací SBML level 3. V teoretické části je studována a stručně popsána specifikace SBML. Problémy a nesrovnalosti se specifikací SBML jsou analyzovány a popsány. V praktické části je navržen nový modul zajišťující kompatibilitu se specifikací SBML. Změny v databázi jsou jasně popsány. Modul je naimplementován v PHP a otestován na současném stavu platformy.

Abstract:

The thesis targets the portal e-cyanobacterium.org. The main aim is to develop a new back-end module for storing and maintaining dynamical models. The new back-end and the corresponding database is be in compliance with SBML level 3. In the theoretical part, the SBML level 3 specification is be studied and briefly described. In consequence, problems and discrepancies with respect to the correct representation of SBML models are identified in the current version of e-cyanobacterium.org. In the practical part, a new modelling module back-end is designed ensuring the compatibility with SBML. Relevant changes of the existing database are clearly stated and implemented. The back-end is implemented in PHP and tested within the current version of the portal.

Keywords

comprehensive modelling platform, cyanobacteria, application, modelling, bioinformatics, API

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 12. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 2. 2019
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Troják

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics