Počítačové modelování nukleových kyselin metodami kvantové chemie a silových polí – Mgr. Klaudia Mráziková, Ph.D.
Mgr. Klaudia Mráziková, Ph.D.
Disertační práce
Počítačové modelování nukleových kyselin metodami kvantové chemie a silových polí
Computer modeling of nucleic acids using quantum chemistry and force-fields
Anotace:
Práce se zabývá popisem nukleových kyselin pomocí metod kvantové chemie a molekulové mechaniky se zaměřením na fyzikálně-chemické vlastnosti konkrétních molekulových interakcí vyskytujících se v nukleových kyselinách a na evaluaci silového pole AMBER. Důraz je kladen na dva typy opakovaně se vyskytujících nekovalentních interakcí, t.j. lone-pair...pi, nebo-li volný-pár...pi, a fosfát...pi, a na struktury …víceAbstract:
This thesis is based on several studies of nucleic acids availing quantum mechanics (QM) and molecular mechanics (MM) modeling. It is focused on physico-chemical description of specific molecular interactions occurring in nucleic acids and on evaluation of AMBER force field in reproducing them. These are the two kinds of recurrent non-covalent interactions, lone-pair...pi and phosphate...pi, and nucleic …více
Jazyk práce: angličtina
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 4. 2023
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/o7gfw/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 14. 6. 2023
- Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
- Oponent: prof. RNDr. Ing. Jaroslav Burda, DrSc., doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaDoktorský studijní program / obor:
Biomolekulární chemie a bioinformatika / Biomolekulární chemie a bioinformatika
Práce na příbuzné téma
-
Řízení regioselektivity C-H funkcionalizačních reakcí pomocí nekovalentních interakcí
Josef Golka -
MD simulace a NMR studium nekovalentních interakcí: Kvadruplexy a další supramolekulární útvary
Martin Novák -
Úloha strukturní dynamiky při rozpoznání histonového proteinu H3 dimerem HP1 a vhodnost silových polí pro popis jejich interakcí
Pavlína Pokorná -
Studium molekulových interakcí v nukleových kyselinách: (deoxy)ribosa-báze a fosfát-báze
Klaudia Mráziková -
Studium molekulových interakcí v L1 ribosomálním stalku
Miroslav Krepl -
Studium interakcí substituováných cyklických nitronů s fragmenty DNA metodami molekulového modelování
Barbora Benešová -
Modelování uhlíkových nanomateriálu a jejich interakcí
Michal LANGER -
Studies of Nucleic Acids Using Quantum Chemical Methods and Computer Simulations
Arnošt Mládek