Formal Methods for Model Selection in Systems Biology

Mgr. Matej Hajnal

Rigorózní práce

Anotace:

V tejto práci sa zaoberáme problémom výberu modelu zo zoznamu kandidátov v oblasti Sytémovej Biológie. Výber modelu je založený na chovaní modelu špecifikovaného nie v hodnotách časovej rady ale v temporálnej logike. Pre takúto špecifikáciu navrhujeme v práci niekoľko možných metrík pre porovnanie modelu. Aby sme poskytli formálnu metódu pre riešenie takto formulovaného problému využívame a daptujeme metódy overovania modelu a parametrickej syntézy. Naším hlavným cieľom dizertačnej práce je aplikovať vytvorené metódy pre prípadovú štúdiu signálnej dráhy fibroblastového rastového faktoru.

Abstract:

We address the problem of selecting model from candidate list in the field of systems biology. The selection is based on model behaviour specified in temporal logic rather than time series. We suggest several metrics comparing the models given property specification. To provide a formal method for the proposed setting we exploit and adapt model checking and parameter synthesis methods. Final aim of the proposed PhD thesis is to apply provided method to fibroblast growth factor receptor signalling pathway as a case study.

Keywords

Model Checking, Model Selection, Model Discrimination, Model Ranking, Parameter Synthesis

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 5. 2018
• Oponent: Ing. Jan Červený, Ph.D., Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Rigorózní řízení / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika