Formal Methods for Model Selection in Systems Biology – Mgr. Matej Hajnal
Mgr. Matej Hajnal
Advanced ('rigorózní') thesis
Formal Methods for Model Selection in Systems Biology
Formal Methods for Model Selection in Systems Biology
Abstract:
V tejto práci sa zaoberáme problémom výberu modelu zo zoznamu kandidátov v oblasti Sytémovej Biológie. Výber modelu je založený na chovaní modelu špecifikovaného nie v hodnotách časovej rady ale v temporálnej logike. Pre takúto špecifikáciu navrhujeme v práci niekoľko možných metrík pre porovnanie modelu. Aby sme poskytli formálnu metódu pre riešenie takto formulovaného problému využívame a daptujeme …moreAbstract:
We address the problem of selecting model from candidate list in the field of systems biology. The selection is based on model behaviour specified in temporal logic rather than time series. We suggest several metrics comparing the models given property specification. To provide a formal method for the proposed setting we exploit and adapt model checking and parameter synthesis methods. Final aim of …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2018
Identifier:
https://is.muni.cz/th/xv1cr/
Thesis defence
- Date of defence: 30. 5. 2018
- Reader: Ing. Jan Červený, Ph.D., Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsAdvanced ('rigorózní řízení') programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics
Theses on a related topic
-
CTL Model Checking for Petri Nets and the Arithmetical Hierarchy
Jan Mačák -
Model Checking Based Parameter Synthesis of Dynamical Systems in Biology
Martin Demko -
Symbolic Model Checking of Hybrid CTL
Ondřej Huvar -
Verifikace bezpečnostně kritických a bezpečnostních systémů kontroly a řízení metodou model checking a strukturálním testováním
Tomáš AUSBERGER -
Automating Software Development with Explicit Model Checking
Petr Bauch -
Refined Büchi automata for faster model checking
Vojtěch Rujbr -
Craig's Interpolant in Model Checking Algorithms
Viktória Vozárová -
Ranking methodology to prioritize HSR corridors
Ismail Celebi