Registrace obrazů řezů histologických preparátů

Mgr. Zdeněk Hruška

Bakalářská práce

Image Registration of Slices of Histological Specimen

Anotace:

Tato práce se zabývá registracemi obrazu, konkrétně registrací obrazů řezů histolo-gických preparátů. Jedná se o různé fyzické řezy tkáně, které mají mírně rozdílné tvary a parametry. Stěžejním bodem práce bylo vytvořit aplikaci v jazyce C++ za pomocí knihovny i3d. Popisem aplikace se práce převážně zabývá. Aplikace funguje v zásadě tak, že vstupní obrazy nejdříve odprahuje a následně z nich odhadne převažující trend tvaru tkáně. Poté řezy pootočí o určitý úhel, aby měly všechny tento trend orientován stejně, čili je zarovná. Nakonec detekuje, zda řezy nebyly horizontálně, nebo vertikálně překlopeny. Na testovaných datech dosáhla tato metoda úspěšnosti přibližně 78%. Součástí práce jsou i ukázky konkrétních výstupů aplikace.

Abstract:

This bachelor thesis deals with image registration, namely registration of histological sections. There are different physical tissue sections, which have slightly different shapes and parameters. The main point of this thesis was to program an application in C++ using library i3d. The description of the application is the main topic of this thesis. The application works on the principle that it first thresholds input images and than estimates the prevailing trend in the shape of the tissue. Then it rotates each histological section by the certain angle in order to align prevailing trend of all sections on the same level. Finally, it detects whether sections were horizontally or vertically flipped. This method has achieved success rate of around 78% on test data. This thesis contains also examples of specific outputs of this application.

Klíčová slova

registrace obrazu, histologické preparáty, transformace obrazu, zpracování obrazu, PCA, SAVD, image registration, histological sections, image transformations, image processing

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2012
• Vedoucí: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Pavel Karas, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Počítačová grafika a zpracování obrazu