Stanovení frekvence variant v genu LDLR v české populaci

Martina RUTOVÁ

Bachelor's thesis

Frequency of the LDLR gene variants determination in the Czech population

Abstract:

LDL receptor je neodmyslitelnou součástí metabolismu cholesterolu, neboť zajišťuje jeho vychytávání z krve a internalizaci do buněk. Mutace v genu kódující LDL receptor (LDLR) způsobují dědičnou poruchu lipidů zvanou familiární hypercholesterolémie (FH). V genu LDLR bylo nalezeno již přes 1400 mutací zapříčiňujících FH. Stále však existuje spousta sekvenčních variant tohoto genu, jejichž význam nebyl prozatím prozkoumán. Pro tuto práci byly vybrány dva jednonukleotidové polymorfismy c.1171G>A v exonu 8 a c.1705+56C>T v intronu 12 genu LDLR, u kterých nebyla zamítnuta možná souvislost s klinickým obrazem FH. Pro tento účel byla vybrána skupina osob české populace, u které nebyla frekvence uvedených polymorfismů nikdy studována. Soubor vyšetřovaných vzorků tvořilo 200 náhodně vybraných jedinců české populace a 100 osob s normolipidemickým profilem. Pro detekci polymorfismů byla zvolena metoda real-time PCR s následnou analýzou křivek tání pomocí FRET sond na přístroji LightCycler 480. Tyto dvě skupiny byly porovnány se třetí skupinou čítající 122 pacientů, kteří svým klinickým obrazem odpovídali FH (často s kardiologickou anamnézou), a to na základě stanovení frekvence výskytu studovaných polymorfismů, alelického zastoupení a četnosti alel. Statistické zhodnocení bylo provedeno prostřednictvím Fisherova exaktního testu. Statistickou analýzou získaných dat srovnávající výše uvedené skupiny osob z hlediska výskytu polymorfismu c.1171G>A a jeho alelického zastoupení vyšlo p = 0,588, z hlediska četnosti alel pak p = 0,604. Při hodnocení polymorfismu c.1705+56C>T z hlediska výskytu vyšlo p = 0,799, z hlediska alelického zastoupení pak p = 0,773 a z hlediska četnosti alel p = 0,709. Všechny hodnoty se nacházely nad zvolenou hladinou významnosti p = 0,05 čili nebyl prokázán signifikantní rozdíl mezi zkoumanými skupinami. Na základě zjištěných dat je možné vyvodit závěr, že studované polymorfismy nekorelují s přítomností FH a přidruženými kardiologickými obtížemi, a proto je nelze označit jako jeden z faktorů zapříčiňujících tuto chorobu. Pro potvrzení či vyvrácení tohoto závěru by bylo vhodné provést studii na větším souboru osob.

Abstract:

The LDL receptor is an essential part of cholesterol metabolism because it ensures the uptake of cholesterol from the blood into the cells. Mutations in the gene encoding the LDL receptor (LDLR) cause a hereditary disorder of lipid metabolism called familial hypercholesterolemia (FH). More than 1400 mutations causing FH were found in the LDRL gene. Still, there are lots of sequence variants in this gene whose importance has not been explored yet. For this study we selected two single nucleotide polymorphisms c.1171G>A in exon 8 and c.1705+56C>T in intron 12 that might be associated with clinical manifestation of FH. For this purpose we selected a group of people from the Czech population that has never been explored in terms of frequency of mentioned polymorphisms. Examinated samples included 200 randomly selected individuals from the Czech population and 100 people with standard lipid levels. Chosen method for the detection of polymorphisms was real-time PCR with subsequent melting curve analysis using FRET probes in a LighCycler 480. These two groups were compared with a third group comprising 122 patients whose clinical status corresponded to FH (often with a history of cardiac disease), on the basis of determination of the frequency of the studied polymorphisms, allelic representation and frequency of alleles. Statistical evaluation was performed using the Fisher?s exact test. Statistical analysis of the data comparing the above groups for occurrence of polymorphism c.1171G>A and its allelic representation became p = 0,588, in terms of frequency of alleles then p = 0,604. In terms of the occurrence of polymorphism c.1705+56C>T became p = 0,799, in terms of allelic representation then p = 0,773 and in terms of frequency of alleles p = 0,709. All values were located above the selected significance level p = 0,05, therefore there was no significant difference between experimental groups. Based on the data it can be concluded that the studied polymorphisms do not correlate with familial hypercholesterolemia associated with cardiac problems, therefore we can not describe these sequence variants as one of the factors causing this disease. It would be useful to study a large sample of people to confirm or refuse this result.

Keywords

gen LDLR, familární hypercholesterolémie, polymorfismus, analýza křivek tání

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 30. 4. 2014

Accessible from:: 30. 4. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2014
• Supervisor: Mgr. Lucie Faldynová

University of Ostrava

Faculty of Medicine

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Health Laboratory Assistant