Použití Coxova modelu pro predikci přežití onkologických pacientů z molekulárně-biologických dat

Bc. Petra Hloušková

Master's thesis

Use of Cox model in prediction of cancer patient survival from molecular biology data

Anotácia:

Coxův model proporcionálních rizik (Cox, 1972) je nejpoužívanějším regresním modelem v analýze dat, u kterých dochází k cenzorování. Avšak díky mnohorozměrnosti molekulárně-biologických dat, např. expresních hodnot genů získaných pomocí mikročipových experimentů, nelze aplikovat přímo standardní metody pro odhad regresních koeficientů Coxova modelu pomocí maximalizace parciální věrohodnosti. V této práci se zabýváme metodami, které řeší tento problém, a představujeme metody pro redukci dimenzionality dat. Cílem práce je pak identifikace genů asociovaných s přežitím pacientů a vytvoření predikčního modelu, který by byl schopný v budoucnu zařadit pacienty do klinicky relevantních skupin s vysokým nebo nízkým rizikem jen ze znalosti jejich genových expresních profilů.

Abstract:

The Cox regression model (Cox, 1972) is the most popular method in regression analysis for censored survival data. However, due to the very high dimensional space of the molecular biology data, i.e. the genes with expression levels measured by microarray expreiments, the standard maximum Cox partial likelihood method cannot be aplied directly to obtain the parameter estimates. In this thesis we study methods to deal with this problem and we present methods for reducing the dimesionality of data. The goal of this thesis is then the identification of genes related to survival and build a predictive model which would classify future patients into clinically relevant high and low risk groups based only on the gene expression profile.

Kľúčové slová

Coxův model proporcionálních rizik, analýza přežití, mnohorozměrná data, mikročipy, genový expresní profil, predikce, prognóza, redukce, výběr, difúzní velkobuněčný B-lymfom, Cox proportinal hazards model, survival analysis, high dimensional data, microarray, gene expression profile, prediction, prognosis, reduction, selection, Diffuse Large B-Cell Lymphoma.

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 21. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 20. 6. 2012
• Vedúci: RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Mathematical Biology