Studium interakcí proteinů pomocí metod molekulového modelování

Bc. Ľudmila Medvecká

Bakalářská práce

Interactions of the proteins study using molecular modeling methods

Abstract:

In the first part of this bachelor thesis are focused findings about family of proteins MAGE, SMC proteins and their complexes and subunits of multiprotein Smc5/6 compex. It also describes the methods of molecular modeling. Practical part of this thesis focuses on study of proteins Nse1 and Nse3 and their two complexes from various views. All simulations on which the subsequent analysis of the examined molecules was performed, were performed using tools from the AMBER software package.

Abstract:

V první části této práce jsou shrnuty poznatky o proteinové rodině MAGE, SMC proteinech a jejich komplexech a dále o podjednotkách Smc5/6 proteinového komplexu. V teoretické části jsou popsány také metody molekulového modelování. Praktická část se zaměřuje na studium proteinů Nse1 a Nse3 a jejich dvou komplexů z různých hledisek. Všechny simulace popsané v této práci byly provedené pomocí nástrojů ze softwarového balíku AMBER, na základe kterých byla provedena následná analýza zkoumaných molekul.

Klíčová slova

MAGE, Smc5/6, Molekulové modelování, Molekulová dynamika, Nse1, Nse3

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2014
• Vedoucí: Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika