Produkce a charakterizace proteinů s hemopexinovou doménou z Photorhabdus spp.

Bc. Tereza Buráňová

Diplomová práce

Production and characterization of proteins with hemopexin domain in Photorhabdus spp.

Anotace:

Proteiny s hemopexinovou doménou se vyskytují ve virech, prokaryotách i eukaryo-tách, charakterizovány byly však pouze v eukaryotních organismech. V genomu bak-terie rodu Photorhabdus, hmyzího patogenu, byly nalezeny čtyři geny kódující protei-ny s hemopexinovou doménou. Predikované proteiny navíc obsahovaly i lektinovou doménu. Bakteriální lektiny slouží mimo jiné k rozpoznání hostitelské buňky a adhezi na ni. Bakterie rodu Photorhabdus interaguje se dvěma hostiteli. Kromě parazitické-ho vztahu s hmyzími organismy žije v mutualistickém vztahu s hlísticemi rodu Hete-rorhabditis. Charakterizace lektinů bakterie Photorhabdus je proto přínosná pro vý-zkum procesů patogenicity i mutualismu. Tato práce se zabývá jedním z nově predikovaných proteinů s hemopexinovou doménou z bakterie Photorhabdus laumondii, proteinem PpxD. Pro predikci vlastnos-tí proteinu PpxD byla použita základní bioinformatická analýza. Bylo provedeno klo-nování a produkce rekombinantního proteinu. Vazebné vlastnosti proteinu PpxD byly charakterizovány vsádkovou metodou a hemaglutinací.

Abstract:

Proteins with a hemopexin domain are found in viruses, prokaryotes and eukaryotes, but have only been characterized in eukaryotic organisms. Four genes for proteins with a hemopexin domain were found in the genome of Photorhabdus bacteria, an insect pathogen. Beside a hemopexin domain, the predicted proteins also contained a lectin domain. Bacterial lectins are engaged, among other things, into host reco-gnition and adhesion. Bacteria Photorhabdus spp. interact with two hosts. In addition to its parasitic relationship with insect organisms, it lives in a mutualistic relationship with nematodes Heterorhabditis spp. The characterization of Photorhabdus lectins is therefore useful for the study of pathogenic and mutualistic processes. This work focuses on one of the newly predicted proteins with a hemopexin domain from Photorhabdus laumondii, the PpxD protein. Basic bioinformatical analysis was used to predict the properties of the PpxD protein. Cloning and production of the re-combinant protein was performed. The binding properties of the PpxD protein were characterized by the batch method and hemagglutination.

Klíčová slova

Hemopexin, lektiny, Photorhabdus laumondii, molekulární klonování, produkce proteinu, lectins, molecular cloning, protein production

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 6. 2023
• Vedoucí: prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Josef Houser, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie