Modulace sarkosinového metabolismu pomocí RNA interference

Bc. Hana Šubrtová

Master's thesis

Modulation of sarcosine metabolism by RNA interference

Abstract:

RNA interference představuje účelný nástroj pro modulaci exprese genů sarkosinového metabolismu, a tím i studium role sarkosinu v nádorových onemocněních prostaty. Diplomová práce „Modulace sarkosinového metabolismu pomocí RNA interference“ shrnuje aktuální poznatky o možné regulaci genové exprese pomocí různých typů nukleových kyselin. Dále se věnuje problematice transferu těchto regulačních činidel do cílových tkání a nakonec popisuje sarkosin včetně jeho zapojení do metabolických cyklů buňky. Hlavním cílem experimentální části této práce bylo stanovení vlivu utlumení genové exprese (knock-down) sarkosin dehydrogenázy (SARDH) na ostatní enzymy zapojené do sarkosinového metabolismu. Tento vliv byl posuzován stanovením genové exprese jednotlivých genů kódujících čtyři hlavní enzymy metabolické dráhy sarkosinu pomocí kvantitativní real-time PCR. Experimenty byly prováděny na třech různých typech prostatických buněčných liniích, a to PNT1A, DU-145 a PC3. Nejvýznamnější rozdíly na úrovni genové exprese byly pozorovány u nádorových buněk DU-145, u kterých byl po aplikaci siRNA cílící na SARDH pozorován signifikantní nárůst genové exprese dimetylglycin dehydrogenázy (DMGHD) a sarkosin oxidázy (PIPOX).

Abstract:

RNA interference represents a useful tool for modulating expression of sarcosine metabolism genes and for studying the role of sarcosine in prostate cancer. The thesis "Modulation of sarcosine metabolism by RNA interference" summarizes current state-of-the-art of possible regulation of gene expression using various types of nucleic acids. Furthermore the thesis also deals with the issue of the transfer of these regulatory agents to target tissues and finally it describes sarcosine including its involvement in the metabolic cycles of the cell. The main aim of the experimental part of this work was to determine the influence of knock down sarcosine dehydrogenase (SARDH) on other enzymes involved in sarcosine metabolism. This effect was assessed by determining the gene expression of individual genes encoding the four major sarcosine pathway enzymes by quantitative real-time PCR analysis. Experiments were performed on three different prostatic cell line types, PNT1A, DU-145 and PC3. The most significant differences on level of gene expression were observed in carcinoma cells DU-145 in which a significant increase in gene expression of dimethylglycine dehydrogenase (DMGHD) and sarcosine oxidase (PIPOX) was observed after applications of siRNA targeting the SARDH.

Keywords

Sarkosin, Metabolismus sarkosinu, SARDH, RNAi, siRNA

Keywords

Sarcosine, Sarcosine metabolism, SARDH, RNAi, siRNA

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 4. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Zbyněk Heger, Ph.D.

Mendel University in Brno

Faculty of AgriSciences

Master programme / field:
Animal Breeding / Animal Biotechnology