Vývojové prostředí pro analýzu molekulárně dynamických simulací

Mgr. Jaroslav Oľha

Diplomová práce

Integrated Development Environment for the Analysis of Molecular Dynamics Simulations

Anotace:

Conversion and Analysis Tools (CATs) je softwarový balík pro analýzu výsledků získaných pomocí molekulárně dynamických simulací, který umožňuje využívat JavaScript pro přístup k různým analytickým nástrojům. Dosud však nástroji CATs chybělo uživatelské rozhraní – jeho použití bylo omezeno na příkazový řádek. V rámci této práce bylo vytvořeno integrované vývojové prostředí, navržené speciálně pro práci s CATs. Jde o multiplatformní aplikaci s grafickým uživatelským rozhraním, která obsahuje všechny standardní prvky vývojového prostředí – mezi jinými je to editor zdrojového kódu, který zvýrazňuje syntaxi daného jazyka, vestavěný engine pro interpretaci CATs příkazů, a standardní debugger. Po úspěšné implementaci bylo vývojové prostředí otestováno při vytvoření a testování skriptu, který analyzuje molekulovou dynamiku struktury dané nukleové kyseliny, a promítá výsledky analýzy do PDF výstupu.

Abstract:

Conversion and Analysis Tools (CATs) is a software package used to analyze the results of molecular dynamics simulations, which enables researchers to use a JavaScript environment to access a variety of tools for analysis. However, up until now, its use was somewhat restricted by a lack of user interface – it was only available as an interpreter, evaluating commands from a terminal. This thesis implements an integrated development environment (IDE), designed specifically for work with CATs. The CATs IDE is a multi-platform GUI application, and it contains all the standard IDE features – a syntax-highlighting code editor, a built-in CATs interpreter engine and a standard debugger, among others. Once implemented, the CATs IDE was successfully used to develop and test a script which analyzes the molecular dynamics of a nucleic acid structure, and presents the results of the analysis in a comprehensive PDF report.

Keywords

CATs, integrované vývojové prostředí, integrated development environment, Qt framework, molekulová dynamika, molecular dynamics, JavaScript, trajektorie, trajectory

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2016
• Vedoucí: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika