Automatická analýza kanálů transmembránových proteinů

Bc. Zdenko Olšovský

Bakalářská práce

Automatic analysis of transmembrane protein channels

Anotace:

Cílem této bakalářské práce bylo navrhnout a implementovat softwarový nástroj pro automatickou analýzu transmembránových proteinů – Pore Finder. Ten je schopen automatické analýzy transmembránových proteinů s využitím databází OPM a PDB. Pro jeho implementaci bylo využito WebChemistry API vyvíjené na pracovišti školitele. Pore Finder automaticky detekuje póry v transmembránových proteinech, a určuje jejich fyzikálně-chemické vlastnosti (délka, poloměr, polarita, hydropatie, atp.). Výsledky jsou dostupné jako skripty pro vizualizaci v programu PyMOL a XML pro další zpracování. Analýza téměř tisíce molekul ukázala, že napočítané výsledky z vybraných skupin transmembránových proteinů z valné většiny korelují s daty získanými experimentálně. Pore Finder by tedy mohl být využit na automatickou analýzu transmembránových proteinů.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was to develop a software tool for automatic analysis of transmembrane proteins. The developed program, Pore Finder, is capable of automatic analysis of transmembrane proteins with utilization of OPM and PDB databases where the core of the program is based on the WebChemistry API. Subsequently is able to provide computed pores with physicochemical characteristics which can be further reused. The analysis of almost thousand molecules showed, that the computed properties of the chosen groups from the vast majority correlate with the experimental data, and the Pore Finder can be used to analyze a large collections of data corresponding to the transmembrane proteins.

Keywords

Pór, Mole, Tunel, WebChemistry, Pdb, C#, Membrána, Protein, pore, tunnel, PoreFinder, membrane

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 6. 2015
• Vedoucí: RNDr. Lukáš Pravda

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika