Systematická studie termálních a izotermálních diferenčních spekter čtyřřetězcových struktur nukleových kyselin

Bc. Veronika Vávrová

Bakalářská práce

Systematic study of thermal and isothermal differential spectra of fourstranded structures of nucleic acids

Anotace:

Nukleové kyseliny (NK) mohou ve vhodných podmínkách tvořit různé typy sekundárních struktur, jakými jsou např. duplexy nebo čtyřřetězcové guaninové kvadruplexy (G4), které vznikají v oblastech bohatých na guaniny. Každá sekundární struktura může být spektroskopicky charakterizována cirkulárně dichroickým (CD) spektrem, nebo také i izotermálním a termálním diferenčním spektrem (IDS, TDS), která jsou získána z rozdílu absorpčních spekter neuspořádané a uspořádané NK do struktury. Práce popisuje charakteristické znaky IDS a TDS G4 a duplexů, jak lze podle nich rozlišovat různé typy těchto struktur nebo jaké faktory se promítají do jejich tvaru. TDS se proto nabízí jako vhodná doplňková metoda k CD spektroskopii, která se už dávno k charakterizaci struktur NK používá.

Abstract:

In suitable environment, nucleic acids form different types of secondary structures, such as duplexes or four stranded guanine quadruplexes, typical for sequences rich in guanine. We can characterize all secondary structures using circular dichroism spectra or isothermal and thermal differential spectra, which are obtained from the difference of absorption spectra of the unformed and formed nucleic acid structures. This work describes characteristic traits of IDS and TDS of G4 or duplexes, how to differentiate between different types of structures and which factors impact their shape. Therefore, TDS stands as a useful complementary method to CD spectroscopy, which has been used for nucleic acid structure evaluation for a long time.

Klíčová slova

guaninové kvadruplexy, duplexy DNA, CD spektroskopie, termální diferenční spektra (TDS), izotermální diferenční spektra (IDS), termální denaturace guanine quadruplexes, DNA duplexes, CD spectroscopy, thermal differential spectra (TDS), isothermal differential spectra (IDS), thermal denaturation

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2023
• Vedoucí: Mgr. Zuzana Dvořáková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Aleš Daňhel, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika