Stanovení sekvenční preference protinádorově účinné oxaliplatiny na DNA pomocí restrikčních endonukleáz

Ondřej HRABINA

Bachelor's thesis

Determination of sequence specificity of DNA binding of antitumor oxaliplatin by restriction endonucleases

Abstract:

Platinová cytostatika se používají v klinické praxi již více než 40 let. V dnešní době jsou již k dispozici platinová cytostatika druhé generace, která vykazují sice méně vedlejších účinků, avšak na druhé straně vykazují podobné spektrum aktivity jako cisplatina. Cílem této práce bylo pomocí metody umožňující sledovat inhibici štěpení DNA modifikované platinovými cytostatiky restrikčními endonukleázami určit sekvenční specificitu vazby oxaliplatiny na DNA. Pro sledování fragmentů DNA byla použita elektroforéza v nativním agarózovém gelu. Výsledky ukázaly, že modifikace DNA oxaliplatinou nejvíce ovlivňuje štěpení enzymem BamHI. Enzym EcoRI byl ovlivněn méně a v případě restriktázy SspI modifikace oxaliplatinou inhibovala štěpení tímto enzymem teprve při nejvyšším stupni modifikace, ale i při vysoké úrovni modifikace byla inhibice enzymu velmi malá. Získané výsledky ukázaly, že oxaliplatina se v DNA váže preferenčně na zbytky guaninu, především v sekvenci GG, méně na izolované G. Sekvenční preference oxaliplatiny je tedy velmi podobná preferenci cisplatiny.

Abstract:

Platinum based drugs are being used in medicine for over than 40 years. Nowdays the second generation of platinum based drugs is available, which exhibit less side effects, but on the other hand they exhibit spectrum of aktivity similar to that of cisplatin. The main goal of this work was to determine sequence specificity of DNA binding of oxaliplatin. To achieve this goal we used the method, which allows observing inhibition of cleavage of platinated DNA by restriction endonucleases. The electrophoresis in native agarose gel was used to observe DNA restriction fragments. The results have shown that modification of DNA by oxaliplatin affects cuttig by enzyme BamHI most effectively. The cleavage by EcoRI was affected less and in the case of restriction endonuclease SspI the effect of modification by oxaliplatin was only observable at the highest levels of platination. These results were interpreted to mean that oxaliplatin binds to DNA preferentially at guanine residues, namely in the sequence GG and less at isolated guanines, which implies that sequence preference of DNA binding of oxaliplatin is very similar to that of of cisplatin.

Keywords

cisplatina, restrikční endonukleáza, DNA, štěpení

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 9. 5. 2013

Accessible from:: 9. 5. 2013

Thesis defence

• Date of defence: 7. 6. 2013
• Supervisor: Prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Physics / Molecular Biophysics