Vývoj programových rozšíření nástrojů pro vizualizaci molekul

Bc. Ondřej Balcárek

Bachelor's thesis

Programming molecular visualization software extensions

Anotácia:

Cílem této bakalářské práce byl vývoj pluginů, tedy rozšíření pro 3D vizualizační programy. Pokud to dané aplikace podporují, lze do nich s použitím těchto pluginů přidat novou funkcionalitu. Já jsem vyvinul rozšíření dvou výpočetních nástrojů vyvíjených v Národním centru pro výzkum biomolekul - databáze ValidatorDB a programu MOLE. Tyto pluginy mohou být použity ve vizualizačních nástrojích PyMOL a Chimera. Nicméně architektura pluginů, které jsem vyvinul s využitím jazyka Python, je snadno použitelná k~rozšíření pro další vizualizační nástroje. Tímto je zajištěna jejich možná budoucí podpora. Navíc je prostředí, které je tvořeno jako jeden celek, snadno udržovatelné a jednoduše rozšiřitelné o nové funkce. Tyto pluginy, které jsem vyvinul a ověřil jejich funkcionalitu, budou v brzké době zpřístupněny online k volnému užití.

Abstract:

The aim of this bachelor thesis was to develop extensions for 3D macromolecular visualization software so called plugins. Using these plugins one can effectively add a novel functionality into a third party application, in case it is supported by the application. I have developed plugins for two software tools developed at the National Center for Biomolecular Research -- ValidatorDB and MOLE. These plugins can be effectively integrated into the visualization software in order to extend its functionality. Presently, the supported visualization software are PyMOL and Chimera. However, the plugin architecture I have developed in Python is extremely easy to extend for other visualization software. Therefore, support for other visualization software is easily achievable. Additionally, since the plugin for all visualization platforms is represented as a single software solution, its maintenance and further development cost is greatly reduced when novel functionality is added to ValidatorDB and MOLE. The software extensions I have developed and verified their functionality will be soon a part of public repositories for anyone to use freely.

Kľúčové slová

zobrazovací nástroje, plugin, WebChemistry, MOLE, validace ligandů, ValidatorDB, proteinové tunely, PyMOL, Chimera, Visualization software, ligand validation, protein tunnels

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2017
• Vedúci: RNDr. Lukáš Pravda

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics