Studium interakcí telomerových proteinů za použití kvantitativních přístupů

Bc. Martin Stojaspal

Master's thesis

Interaction studies of telomeric proteins using quantitative approaches

Abstract:

Telomeres are nucleoprotein structures at the ends of linear eukaryotic chromosomes. In mammals they are created by tandem repeats with 5´ – TTAGGG – 3´ sequence. Telomere protection is ensured by a protein complex called shelterin which consists of six proteins and protects the telomeres against DNA degradation, recombination or fusion between chromosomal ends. Shelterin proteins TRF1 and TIN2 are important for telomere cohesion during the cell cycle and as well, due to their interaction with SA1, a protein of cohesin complex, another protein complex which is necessary for chromosomal cohesion. Here we studied which domain or domains of SA1 and TRF1 are implicated in that interaction. Specifically, we cloned and expressed different truncated versions of TRF1. We performed fluorescence spectroscopy assays having as partners the TRF1 domains and the N-terminal domain of SA1, which is known that it is the interacting domain of this cohesin with the telomeric protein. After several measurements our results revealed which TRF1 domain might be the hottest candidate for the direct interaction with the cohesin subunit SA1.

Abstract:

Telomery jsou nukleoproteinové struktury na koncích lineárních eukaryotických chromosomů. U savců jsou tvořeny tandemovými repeticemi o sekvenci 5´ – TTAGGG – 3´. Ochrana telomer je zajištěna proteinovým komplexem shelterinem, který se skládá ze šesti proteinů a chrání telomery před degradací DNA, rekombinací a fúzí chromosomalních konců. Proteiny shelterinu TRF1 a TIN2 jsou také důležité pro kohezi telomer během buněčného cyklu díky jejich interakci s SA1 proteinem kohesinu, jiného proteinového komplexu, který je nezbytný pro kohezi chromosomů. Zde zkoumáme, která doména či domény proteinů SA1 a TRF1 jsou zapojeny v této interakci. Provedli jsme měření fluorescence s použitím domén proteinu TRF1 a N-terminální domény SA1, o které je známo, že je zodpovědná za vazbu mezi cohesinem a shelterinem. Naše fluorescenční měření nám ukázala, která doména proteinu TRF1 je nejžhavějším kandidátem pro přímou interakci s kohesinovou podjednotkou SA1.

Keywords

Interakce protein-protein, shelterin, TRF1, kohesin, SA1, fluorescenční spektroskopie, imunoprecipitace, Protein-protein interaction, cohesin, fluorescence spectroscopy, immunoprecipitation

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 13. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 1. 6. 2015
• Supervisor: doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biochemistry