Detection of air-borne inoculum of Caliciopsis pinea in a plantation of Pinus radiata in Tuscany, Italy

Bc. Aneta Bačová

Master's thesis

Detekce vzdušného inokula Caliciopsis pinea na plantáži Pinus radiata v Toskánsku, Itálie

Abstract:

Rod Caliciopsis zahrnuje několik zástupců hub vřeckovýtrusných, které způsobují rakoviny na jehličnatých stromech. Z hlediska morfologie, fyziologie a symptomů hostitele jde o zajímavou skupinu hub, které však v minulosti nebyla věnována příliš velká pozornost. Biologie této houby není ještě zcela objasněna. Tato práce je zaměřena na zkoumání rozptylu spor Caliciopsis pinea Peck v průběhu roku a jeho vztahu k meteorologickým podmínkám, což je potřebné k lepší a efektivnější kontrole tohoto onemocnění. Pro tento experiment byla vybrána plantáž Pinus radiata v Carcheri (Lastra a Signa, Florencie, Itálie), která vykazovala symptomy nákazy. Byly zde instalovány rotační lapače spor a meteorologická stanice, která získávala data nepřetržitě, od května do listopadu 2016. Vzorky byly vyhodnoceny pomocí qPCR s velmi nízkým detekčním limitem. Bylo zjištěno, že lapače spor jsou vhodné pro odchyt spor tohoto patogenu i při velmi malém výskytu inokula ve vzduchu. Výsledky ukazují výskyt inokula C. pinea v celém období odběru vzorků s vrcholem v říjnu. Je zde také patrný významný vliv srážek na produkci spor. Tato práce může pomoci lépe pochopit životní cyklus tohoto patogena a umožnit tak jeho lepší kontrolu a ochranu hostitele.

Abstract:

The genus Caliciopsis contains several representatives of the ascomycetous fungi which produce cankers on conifers. They comprise an interesting group with respect to morphology, physiology, and host response but have received relatively little attention in the past. The biology of this fungus is not totally elucidated. This study is focused on the description of seasonal spore dispersal of Caliciopsis pinea Peck and its relation to meteorological conditions which is needed for more precise and effective control of the disease. For this experiment the plantation of Pinus radiata in Carcheri (Lastra a Signa, Florence, Italy) was chosen. This plantation had symptoms of infection. A rotating arm spore trap and a weather station were installed here to obtain data from May to November 2016. Air samples were evaluated by qPCR with a very low detection limit. It has been found that spore traps are suitable for capturing the spore of this pathogen even with a very low incidence of inoculum in the air. Results show the presence of C. pinea inoculum throughout the entire sampling period with the highest peak in October. There is also a significant influence of precipitation on spore production. This work can help to better understand the life cycle of this pathogen. It can also contribute to enhance the control of this fungus and the protection of hosts.

Keywords

rakoviny jehličnanů, lapač spor, detekce pomocí qPCR

Keywords

Caliciopsis canker, qPCR detection, spore trap

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 4. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Dr. Leticia Botella Sánchez

Mendel University in Brno

Faculty of Forestry and Wood Technology

Master programme / field:
Forest Engineering / Forest Engineering