Transformace dynamických systémů do interakčních sítí

Mgr. Kateřina Kratochvílová

Bachelor's thesis

Transforming dynamical systems to interaction networks

Anotácia:

Tato bakalářská práce se zabývá převodem modelů dynamických systémů v biologii ve formě matematické reprezentace do interakčních sítí. V teoretické části práce jsou popsány technologie pro práci s biologickými modely, zhodnocují se existující aplikace a diskutují se jejich nedostatky. V praktické části je navržena a implementována aplikace pro převod modelů, tak aby vyhovovala požadavkům. Aplikace je navržena tak, aby bylo možno ji v budoucnu rozšířit či upravit. Aplikace by mohla být začleněna do webového portálu e-cyanobacterium.org, pro vizualizaci složitých modelů, vyskytujících se na tomto portálu.

Abstract:

This thesis deals with the transforming of dynamical system models in biology in the form of mathematical representation into interaction networks. In the theoretical part are described technologies to work with biological models, existing applications are evaluated and are discussed their shortcomings. In the practical part is designed and implemented application for converting models to suit the requirements. The application is designed with possibility of future expand or editing. Application could be incorporated into a Web portal e-cyanobacterium.org for visualizing complex models appearing on this website.

Kľúčové slová

SBML, XGMML, MathMl, JSBML, Java, biologické modely, interakční sítě

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 1. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 2. 2014
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Matej Klement

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics