Aplikace pro zobrazování ligandů ve strukturách proteinů

Bc. Petr Potěšil

Diplomová práce

Application for visualization of ligands in protein structures

Anotace:

Cílem diplomové práce bylo vytvořit aplikaci pro vizualizaci ligandů na strukturách proteinů. Ligandy jsou hledány na zadané proteinové struktuře a na strukturách podobných. Tyto struktury jsou získávány z PDB databáze. Výstupem aplikace je skript pro aplikaci PyMol, který zobrazí všechny nalezené ligandy, použité struktury a nejzajímavější residua. Součástí výstupu je také soubor se všemi zajímavými residui.

Abstract:

The goal of this diploma thesis was to create an application for visualization of ligands in protein structures. Ligands are searched in the given protein structure and also in similar structures. These structures are obtained from PDB database. The output of this application is the PyMol script that displays all ligands, used structures and the most important residues. The output also contains file with all important residues.

Klíčová slova

protein, struktura proteinu, ligand, nalezení ligandů, zobrazení ligandů

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 9. 1. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 2. 2012
• Vedoucí: RNDr. Antonín Pavelka, Ph.D.
• Oponent: Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Informatika / Informační systémy