Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách – Bc. Jakub Horváth
Bc. Jakub Horváth
Bachelor's thesis
Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách
Automatic parametrization of TE-greedy-nester, a computational full-length LTR-retrotransposon search tool
Abstract:
TE-greedy-nester je nástroj na detekciu zanorených LTR-retrotranspozónov. Tieto však zvyknú obsahovať veľké množstvo mutácií spôsobených ich migráciou. Je tak náročné vyvinúť skutočne všeobecný nástroj na detekciu takýchto sekvencií. Podobný problém sa naskytol aj pri TE-greedy-nesteri, ktorého výsledky obsahovali veľké množstvo falošne pozitívnych výsledkov. Cieľom tejto práce je zanalyzovať správanie …moreAbstract:
TE-greedy-nester is a tool designed to detect nested full-length retrotransposon sequences. However, these are prone to contain high levels of variation, as is often the case with biological sequences, due to changes caused by mutation and migration, which occur in transposons rather often. It is, therefore, difficult to develop a truly universal and precise tool for this purpose. This was also the …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 5. 2020
Identifier:
https://is.muni.cz/th/sf3sl/
Thesis defence
- Date of defence: 26. 6. 2020
- Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
- Reader: Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
HORVÁTH, Jakub. \textit{Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách}. Online. Bachelor's thesis. Brno: Masaryk University, Faculty of Informatics. 2020. Available from: https://theses.cz/id/4ueipj/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsBachelor programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics