Pochopení úlohy TGW6 při určování velikosti zrn u ječmene (Hordeum vulgare L.)

Bc. Tereza TOMÍČKOVÁ

Master's thesis

Understanding the role of TGW6 in the determination of grain size in barley (Hordeum vulgare L.)

Abstract:

The aim of the thesis is to investigate genes with a potential role in controlling grain size in barley (Hordeum vulgare L.). In the theoretical part, the student will describe the potential function of THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6), the history and development of crop breeding, and the CRISPR-Cas9 technology. The experimental part of the thesis will focus on the barley HvTGW6 gene: its identification based on sequence homology, natural variation, gene expression and effect of knock-out using CRISPR-Cas9 technology on the grain size. Methods and tools: searching in barley database for the rice OsTGW6 orthologue, building phylogenetic tree using MEGA-X, design and preparation of gRNA to produce barley knockout via CRISPR-Cas9 methodology in barley, study of polymorphism, and gene expression by qPCR.

Abstract:

Cílem této diplomové práce je studovat geny s potenciální rolí při regulaci velikosti zrna u ječmene (Hordeum vulgare L.). V teoretické části je popsána předpokládaná funkce TGW6, historie a vývoj šlechtění plodin a CRISPR-Cas9 technologie. Experimentální část práce je zaměřena na THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6): identifikace genu na základě sekvenční homologie, analýza genové exprese, příprava knock-out rostlin v tomto genu pomocí CRISPR-Cas9 technologie a identifikace přirozeně se vyskytujících polymorfismů TGW6. Metody: vyhledávání ortologů OsTGW6 v ječmeni pomocí databází, vytvoření kladogramu, navržení gRNA pro cílený knock-out potenciálních genů TGW6 v ječmeni, studium polymorfismů a analýza genové exprese pomocí qPCR.

Keywords

Ječmen, CRISPR-Cas9, THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6)

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 8. 2021

Thesis defence

• Date of defence: 1. 9. 2021
• Supervisor: Véronique Hélene Bergougnoux-fojtik, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Experimental Biology of Plants