Molekulární fylogeneze rodu Necrophila Kirby & Spence, 1828 (Coleoptera: Staphylinidae: Silphinae)

Bc. Markéta Jonáková

Master's thesis

Molecular phylogeny of the genus Necrophila Kirby & Spence, 1828 (Coleoptera: Staphylinidae: Silphinae)

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá analýzou fylogenetických vztahů v rámci rodu Necrophila Kirby et Spance, 1828. Tento rod, patřící do podčeledi mrchožroutovitých (Silphinae), v současnosti zahrnuje 15 druhů rozdělených do pěti podrodů. Podrody Calosilpha Portevin, 1920, Chrysosilpha Portevin, 1921, Deutosilpha Portevin, 1920 a Eusilpha Semenov-Tian-Shanskij, 1890 jsou známé z východní palearktické a orientální oblasti a podrod Necrophila Kirby et Spence, 1828 se vyskytuje v oblasti nearktické. Tato molekulární fylogeneze je založena na dvou mitochondriálních genech COI a 16S, které byly získány z lihových či suchých preparátů zájmových druhů za použití Sangerovy metody sekvenování a doplněné o sekvence z veřejné databáze NCBI. Dva druhy rodu Thanatophilus Leach, 1815 a dva druhy rodu Necrodes Leach, 1815 byly zvoleny jako vnější skupina (tzv. outgroup). Druhová validita byla ověřena na základě výpočtu genetické vzdálenosti. Výsledný fylogenetický strom, zahrnující celkem jedenáct druhů rodu Necrophila Leach, 1815, byl zrekonstruován na základě metody maximum likelihood a Bayesovské inference. Výsledná topologie fylogenetického stromu zobrazuje podrod Necrophila jako nejvíce oddělenou linii od ostatních podrodů. Podrody Calosilpha a Chrysosilpha jsou vyhodnoceny jako sesterské linie a podrod Eusilpha je příbuznou linií k těmto podrodům. Tato rekonstrukce fylogenetických vztahů v rámci rodu Necrophila může být základem pro budoucí studie zabývající se evoluční historií a distribucí této skupiny brouků.

Abstract:

This master's thesis examinates the phylogenetic relationships within the genus Necrophila Kirby et Spance, 1828. This genus, belonging to the subfamily Silphinae, currently consists of 15 species divided into five subgenera. Subgenera Calosilpha Portevin, 1920, Chrysosilpha Portevin, 1921, Deutosilpha Portevin, 1920 and Eusilpha Semenov-Tian-Shansky, 1890 are occur in Eastern Palearctic regions and Oriental regions and the subgenus Necrophila Kirby et Spence, 1828 occurs in Nearctic region. This molecular phylogeny is based on two mitochondrial genes COI and 16S, which were obtained from alcohol or dry preparations of the species of interest by Sanger sequencing and supplemented with sequences from the NCBI database. Two species of the genus Thanatophilus Leach, 1815 and two species of the genus Necrodes Leach, 1815 were selected as an outgroup. Species validity was verified by calculating pairwise distances. The phylogenetic tree, including a total of eleven species of the genus Necrophila, was reconstructed based on maximum likelihood and Bayesian inference. The resulting topology of the phylogenetic tree depicts the subgenus Necrophila as the most separated lineage from the other subgenera. The subgenera Calosilpha and Chrysosilpha are evaluated as sister lineages and the subgenus Eusilpha is a related lineage to these subgenera. Thus, this reconstruction of phylogenetic relationships within the genus Necrophila may provide a basis for future studies dealing with the evolutionary history and distribution of this group of beetles.

Keywords

taxonomie, evoluce, fylogeneze, Silphinae

Keywords

phylogeny, taxonomy, evolution, Silphinae

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 3. 2024

Thesis defence

• Date of defence: 21. 5. 2024
• Supervisor: Ing. Pavel Jakubec, Ph.D.
• Reader: Dominik Vondráček, externi

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Environmental Sciences

Master programme:
Nature Conservation