Vyhledávání genů kódujících probiotické a další vlastnosti vybraných kmenů bakterií mléčného kvašení a bifidobakterií

Bc. Linda Grillová, Ph.D.

Master's thesis

Searching for gene coding probiotic and other characteristics of selected strains of lactic acid bacteria and bifidobacteria

Anotácia:

Bakterie mléčného kvašení rodu Lactobacillus a bifidobakterie jsou využívány jako probiotika, tj. bakterie příznivě ovlivňující zdraví hostitele. Kromě stávajících kmenů je pozornost zaměřena na vyhledávání nových kmenů s probiotickými vlastnostmi. Diplomová práce se zabývá využitím PCR pro analýzu potenciálně probiotických kmenů rodu Lactobacillus a Bifidobacterium izolovaných z lidských zdrojů. S využitím bioinformatické analýzy byly navrženy primery pro 4 multiplexní PCR pro identifikaci 7 druhů rodu Lactobacillus. Ty byly využity pro druhovou identifikaci 43 kmenů. Do druhů bylo zařazeno 21 kmenů, 4 kmeny zůstaly nezařazené a 18 kmenů dávalo zkřížené reakce. Dále byly navrženy primery pro amplifikaci 6 genů (bsh, lai, apf, odc, ldc, ntr) kódujících probiotické a další vlastnosti. PCR byly optimalizovány s využitím sbírkových a typových kmenů. Poté byl proveden skríning analyzovaných kmenů rodu Lactobacillus a Bifidobacterium na přítomnost studovaných genů.

Abstract:

Lactic acid bacteria of the genus Lactobacillus and bifidobacteria are used as probiotics, i.e. bacteria with positive effect on the host’s health. In addition to currently used strains, attention is focused on searching for new strains with probiotic properties. This thesis deals with the use of PCR for analytical purposes of potentially probiotic strains of the genus Lactobacillus and Bifidobacterium isolated from human specimen. Primers for four multiplex PCR for identification of 7 species of the genus Lactobacillus were designed using bioinformatic approach. These primers were used to identify species of 43 samples. There were 21 samples classified into species, 4 samples remained unclassified and 18 samples demonstrated cross-reactions. Next, the primers to amplify 6 genes (bsh,lai, apf, odc, ldc, ntr) coding probiotic and other properties were designed. PCR were optimized using collection and type strains. Finally, the Lactobacillus and Bifidobacterium species screening for the presence of studied genes were performed.

Kľúčové slová

Probiotika, druhy rodu Lactobacillus, geny kódující probiotické a další vlastnosti, PCR, navrhování primerů, skríning, probiotics, species of the genus Lactobacillus, genes coding probiotic and other properties, primers design, screening

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2012
• Vedúci: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / General Biology