Vazebný mód alkaloidu koralynu na d(GGAAGCTTCC)2

Mgr. Jan Novotný, Ph.D.

Bakalářská práce

Binding mode of coralyne to d(GGAAGCTTCC)2

Anotace:

Schopnost některých protoberberinových alkaloidů interkalovat DNA je předmětem intezivního výzkumu jak v oblasti strukturní biochemie tak molekulární biologie.Teoretická část této práce se věnovala mechanismu interkalace, metodám studia i její roli v biologických procesech. Jsou uvedeny dosavadní poznatky o účincích interkalace na konformaci DNA i genovou expresi. Praktická část se soustředila na studium komplexu alkaloidu koralynu s navrženým oligonukleotidem za užití NMR spektroskopie a metod molekulového modelování.

Abstract:

The ability of some protoberberine alkaloids to intercalate DNA is subjected to an intensive research both structural biochemistry and molecular biology.The theoretical part of this thesis is focused in intercalation mechanism, experimental methods of its study and its role within biological processes. There is also summarized present knowledge about effects of intercalation on DNA conformation and gene expression.The experimental part was concentrated on a study of the complex of coralyne bound on the designed oligonucleotide by using NMR spectroscopy and molecular modelling.

Klíčová slova

DNA-interkalace, DNA-intercalation, Koralyn, Coralyne, NMR spektroskopie, NMR spectroscopy, Molekulové modelování, Molecular modelling

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2008
• Vedoucí: prof. RNDr. Radek Marek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Eva Fadrná, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie