Využití RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) při studiu příbuznosti kmenů rodu Acidithiobacillus

Bc. Petra Linhartová, Ph.D.

Diplomová práce

A study of Acidithiobacillus ferrooxidans strains diversification using RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA)

Anotace:

V diplomové práci byla zpracována literární rešerše týkající se možností molekulárně biologických a genetických metod při typizaci a odlišení půdních bakteriálních kmenů. Byla provedena kultivace z environmentálních vzorků ze Zlatých Hor v Jeseníkách na různých typech kultivačních médií, ze kterých byla izolována genomová DNA. Metoda PCR RAPD byla optimalizována a byla provedena RAPD analýza pomocí pěti zvolených primerů. Byl vybrán primer RAPD-1, který poskytuje dostatečně odlišné profily PCR produktů. Dále byla vytvořena databáze kmenů a jejich RAPD profilů vyskytujících ve vzorcích pocházejících ze Zlatých Hor v Jeseníkách, výsledky PCR RAPD byly ověřeny a doplněny pomocí PCR 16S rRNA a sekvenací. Potvrdilo se, že metoda náhodné amplifikace polymorfní DNA je velmi vhodná pro srovnávací typizaci půdních bakteriálních komunit z environmentálních vzorků. Výsledky práce je možno využít jako návod při rozšíření databáze RAPD profilů bakteriálních kmenů z environmentálních vzorků pomocí RAPD analýzy. Vytvořená databáze může sloužit jako kritérium pro určení rozmanitosti bakteriální komunity v zkoumaných vzorcích.

Abstract:

The literature retrieval concerning in facilities of molecular biological and genetic methods used for typisation and differentiation of soil bacterial strains was processed in my thesis. The cultivation of environmental samples collected from Zlaté Hory in Jeseníky was accomplished. Various culture mediums were used, from which the genome DNA was isolated. PCR RAPD method was optimized and RAPD analyses using five selective primers was accomplished. RAPD-1 primer was chosen, which offers enough distinct profiles of PCR products. The database of strains and theirs RAPD profiles occurred in samples from Zlaté Hory in Jeseníky was created. PCR RAPD results were verified and completed using PCR 16S rRNA and sequencing. It was confirmed, that the method of random amplification of polymorphic DNA is suitable for comparative typisation of soil bacterial community from environmental samples. The results of my thesis can be utilized for database enlargement using RAPD analysis. Such database can determine diversity of bacterial community in examined samples.

Klíčová slova

Acidithiobacillus ferrooxidans, Zlaté Hory v Jeseníkách, molecular genetic methods, RAPD

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 5. 2009

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2009
• Vedoucí: doc. RNDr. Oldřich Janiczek, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie