Charakterizace rostlinných RNA-vazebných proteinů

Bc. Klára Hartelová

Bachelor's thesis

Characterization of Plant RNA-binding proteins

Anotácia:

Tato práce se zabývá charakterizací interakcí vybraných RNA-vazebných proteinů s telomerázovou RNA Arabidopsis thaliana (AtTR). Sekvence AtTR byla objevena teprve nedávno, proto není mnoho informací o jejích interakčních partnerech a proteinech, které se na ni vážou. Možnými kandidáty jsou Sm-like (LSm) proteiny, které tvoří dva komplexy, LSm1-7 a LSm2-8. V této práci byly testovány čtyři z jedenácti LSm proteinů Arabidopsis thaliana, konkrétně LSm1A, LSm1B, LSm4 a LSm8, u nichž se zjišťovala interakce s AtTR s využitím metody gelové retardační analýzy (EMSA, Electrophoretic mobility shift assay). Pomocí této metody bylo zjištěno, že u některých z vybraných proteinů dochází k interakci s AtTR.

Abstract:

This work focuses on the characterization of the interactions of selected RNA-binding proteins with the Arabidopsis thaliana telomerase RNA (AtTR). The AtTR sequence has only recently been discovered, so there is little information about its interaction partners and the proteins that bind to it. Possible candidates are the Sm-like (LSm) proteins that form two complexes in vivo, LSm1-7 and LSm2-8. In this study, four of the eleven LSm proteins of Arabidopsis thaliana, namely LSm1A, LSm1B, LSm4, and LSm8, were tested for their interaction with the AtTR using the Electrophoretic mobility shift assay. Using this method, it was found that some of the selected proteins interacted with AtTR.

Kľúčové slová

LSm proteiny, telomeráza, telomery, telomerázová RNA Arabidopsis thaliana, interakce RNA-protein, RNA-vazebné proteiny, LSm1-7, LSm2-8, EMSA, LSm proteins, telomerase, telomeres, Arabidopsis thaliana telomerase RNA, RNA-protein interactions, RNA binding proteins

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2024
• Vedúci: Dr. Leon Paul Jenner
• Oponent: Mgr. Barbora Štefanovie, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry